午餐時間的失竊事件
小智、小霞與小剛在前往滿金市的旅途中，於森林中稍作休息準備享用午餐。然而，小智驚覺自己放在樹旁的背包竟然消失了，雖然重要的徽章與寶可夢球隨身攜帶，但背包裡的口糧全數不翼而飛。在搜尋過程中，他們遇到了同樣失竊的喬伊小姐，她剛買好的特大號火腿也被不明的身影偷走。小智在現場發現了神祕的寶可夢足跡，眾人決定順著足跡進入森林深處尋找真相。
深夜的誘捕與戴魯比群現身
為了引出犯人，小剛利用烹飪食物的香氣進行誘捕計畫。果然，一個敏捷的黑影被香氣吸引而來，偷走了誘餌後迅速逃離。眾人追蹤黑影，最後被一群神祕的寶可夢包圍。根據寶可夢圖鑑，這是被稱為「黑暗寶可夢」的戴魯比。戴魯比群的首領表現出強烈的敵意，小智為了拿回背包，派出皮卡丘與戴魯比首領進行一對一的決鬥。在一場速度與電擊的交鋒後，皮卡丘以強力的打雷擊敗了首領，但戴魯比群隨後噴出煙幕掩護撤退。
戴魯比群背後的溫情真相
小智一行人追到了戴魯比群的據點，意外發現那裡躺著一隻受傷且發著高燒的戴魯比。原來，這群戴魯比之所以四處偷竊食物，全是為了照顧這位虛弱的同伴。正當眾人了解真相時，一隻凶猛的隆隆岩突然闖入據點並發起攻擊，戴魯比們為了守護同伴陷入苦戰。小智見狀不顧先前的糾紛，指揮菊草葉協助戴魯比群擊退隆隆岩，並成功贏得了戴魯比首領的信任。然而，受傷的戴魯比情況惡化，必須立刻送往寶可夢中心治療。
守護同伴的決心與離別
小智決定背起受傷的戴魯比趕往寶可夢中心，但火箭隊在此時現身阻撓，企圖捕捉這些稀有的戴魯比。戴魯比首領選擇相信小智，帶領族群留下阻擋火箭隊，讓小智先行離開。在趕往診所的陡坡上，小智體力漸支，戴魯比首領深受感動並主動幫忙馱負同伴。最終在眾人的努力下，受傷的戴魯比在喬伊小姐的治療下轉危為安。最後，戴魯比群與小智合力擊飛了再次來襲的火箭隊。在晨曦中，小智與這群重情重義的戴魯比建立了深厚的友誼並揮手告別，繼續他的冒險旅程。