小瞬的敗北與神祕的假面協調訓練家
故事開始於頂尖協調訓練家小瞬與一名神祕的「假面協調訓練家・凡恩」進行非正式對戰。凡恩指揮著強大的夜巨人，以壓倒性的實力擊敗了小瞬的羅絲雷亞。當小智一行人抵達即將舉辦寶可夢華麗大賽的綠蔭鎮時，意外遇到了神情沮喪的小瞬。小瞬無奈地表示羅絲雷亞因傷勢過重，必須放棄本次大賽，並鄭重告誡小遙要留意這名實力強悍且神祕的凡恩。
小智挑戰凡恩與神祕闊太現身
在特訓期間，小遙帶著向尾喵練習新絕招「暴風雪」與「連環巴掌」的組合技。此時，假面協調訓練家凡恩突然現身，熱血的小智隨即派出皮卡丘向其挑戰。然而，皮卡丘的物理攻擊對幽靈屬性的夜巨人完全無效，且被其熟練的戰鬥節奏所壓制。戰鬥途中，一陣汽車喇叭聲響起，凡恩似乎有所顧忌，立刻收回寶可夢匆忙離去。緊接著，一名名叫君代的富有女士駕車趕到，她正急於追捕凡恩。
公丸的處境與君代的誤解
君代女士向小智等人解釋，她是綠蔭鎮知名企業的社長，因自身極度討厭寶可夢，從小嚴禁兒子公丸接觸寶可夢，並強迫他專注於繼承人教育。君代懷疑凡恩帶壞了公丸，甚至認為凡恩就是公丸偽裝的。眾人隨後拜訪公丸家，發現公丸手臂上的傷痕與凡恩如出一轍，面對母親的質詢，公丸顯得十分慌張。就在君代女士因工作暫時離開後，公丸的父親田村麻呂出現了，並帶領眾人揭開隱藏在宅邸後的真相。
假面底下的父愛傳承
田村麻呂向大家坦白，自己年輕時曾是著名的協調訓練家，但為了與討厭寶可夢的君代結婚，被迫封印了這段過去。他發現公丸遺傳了自己對寶可夢的熱愛，卻因母親的嚴厲管制而變得毫無自信。為了讓兒子能釋放熱情，他將自己當年的假面與夜巨人傳給了公丸。公丸化身為二代「凡恩」，才能在母親的監視縫隙中偷偷參與對戰與訓練。得知公丸如此熱愛寶可夢後，小智等人決定聯手幫助公丸實現參加華麗大賽的夢想。
守護夢想的假戲真做
為了洗清君代女士對公丸的懷疑，眾人策劃了一場調虎離山之計。小剛穿上備用的凡恩服裝假扮成假面協調訓練家，在小遙和向尾喵的配合下，出現在君代女士面前。雖然途中遭到火箭隊企圖揭開面具賺取賞金的攪局，但在小智與皮卡丘的掩護下，成功讓君代女士相信「凡恩」另有其人而非公丸。最終，君代消除了懷疑，而公丸也能在父親的支持下，以「凡恩」的身分順利報名參加翌日的華麗大賽，準備與小遙一較高下。