挑戰水脈道館與意外的重逢
小智、小光與小剛再次來到水脈道館，準備向剛從鋼鐵島修行歸來的館主東鋼挑戰。然而，他們卻在道館門口聽到了激烈的爭吵聲。進入道館後，小智一行人驚訝地發現，爭吵的對象竟然是黑金道館的館主瓢太，而東鋼正是瓢太的父親。這對父子正為了「誰比較熱愛化石」以及「化石寶可夢的防禦與攻擊哪個更強」而爭執不下，場面一度非常尷尬。
父子的隔閡與道館館主的交接
瓢太向小智等人解釋了他與父親之間的過往。原來東鋼曾是黑金道館的館主，但在瓢太被任命為黑金炭坑發掘隊長時，東鋼卻突然決定搬到化石資源豐富的水脈市擔任館主，並把黑金道館丟給瓢太打理。瓢太認為父親只顧著自己的愛好，完全不顧家人的感受，這讓他多年來一直對父親心存芥蒂。為了證明自己的實力與理念，瓢太接受了小剛的建議，與父親展開一場一對一的「道館館主特別表演賽」。
矛盾的對決：戰槌龍與護城龍
戰鬥在道館內展開，瓢太派出擁有最強攻擊力的「戰槌龍」，而東鋼則拿出擁有鐵壁般防禦的「護城龍」。這場戰鬥如同「矛盾之爭」，戰槌龍不斷使出強力的思念頭槌發動猛攻，但護城龍則冷靜地使用鐵壁完全封鎖對手的行動，並伺機反擊。東鋼教導瓢太，防禦在戰鬥中同樣至關重要。就在雙方戰況陷入膠著時，道館內的化石陳列室突然響起了警報，打斷了這場親子對決。
火箭隊入侵與聯手抗敵
原來是火箭隊的武藏、小次郎與喵喵潛入道館，打算偷走東鋼心愛的化石收藏。東鋼一開始甚至還荒謬地稱讚火箭隊挖地洞的技術精湛，直到意識到化石被偷才憤怒不已。在追擊火箭隊的過程中，東鋼與瓢太展現了驚人的默契。護城龍使出鐵壁保護了受傷的戰槌龍，而戰槌龍則發揮強大的破壞力反擊。最後在皮卡丘的十萬伏特助攻下，火箭隊被擊飛，化石也成功奪回。
珍貴的收藏與明天的挑戰
在奪回的化石中，瓢太發現了一枚「向日種子葉片」的化石，那是他小時候親手挖到並送給父親的。東鋼坦言這枚化石是他最珍視的寶物，並透露當年之所以離開黑金道館，是為了讓瓢太能早日獨當一面。父子倆終於化解了長久以來的誤會，重拾親情。東鋼隨後與小智約定，在讓護城龍充分休息後，將在隔日進行正式的道館賽。小智也燃起了鬥志，誓言要奪下第六枚徽章。