序幕：特訓與忍者少年的邂逅
正在朝著對戰開拓區的第四個設施「對戰水管」前進的小智一行人，在旅途中持續進行著特訓。小智利用剛進化不久且充滿力量的頓甲作為對手，磨練皮卡丘的新招式「高壓電擊」。修行中，一名少年忍者小六與他的寶可夢鐵面忍者突然現身，誤以為小智等人是森林的破壞者。在解除誤會後，小六邀請對忍者修行感興趣的小智等人前往他所就讀的「寶可夢忍者學校」進行體驗入學。
忍者學校的體驗與藍橘失竊疑雲
來到忍者學校後，小智等人結識了一子老師，並加入了學生們的修行課程。在學習「水遁之術」與「隱身術」的過程中，大家得知學校附近的果園發生了藍橘（奧藍果）被盜事件。在隨後進行的捕獲變隱龍修行中，學生們意外發現了一隻幼小的盆才怪。雖然學生們因這隻盆才怪的叫聲與昨晚小偷留下的聲音相似而懷疑牠，但細心的小剛發現這隻盆才怪還太過幼小，根本無法食用堅硬的果實，成功為牠洗刷冤屈，並溫柔地餵食牠，這讓盆才怪對小剛產生了好感。
火箭隊的襲擊與忍術對戰
就在眾人交流時，火箭隊三人組換上忍者服裝現身，企圖捕捉皮卡丘與學校的寶可夢。一子老師展現了高超的忍法，派出狡猾天狗迎戰。小智、小遙與小剛也紛紛支援，利用森林蜥蜴、力壯雞及沼躍魚與火箭隊展開激烈的忍術戰。在戰鬥過程中，火箭隊不慎自曝昨晚偷吃藍橘的行徑，最終在眾人合力配合下，將火箭隊徹底擊飛。戰鬥結束後，盆才怪被小剛的溫柔所感動，決定跟隨小剛，但為了展現身為戰士的自尊，牠主動向小剛提出對戰要求。
收服盆才怪：全新的旅程夥伴
小剛接受了挑戰，派出佛烈托斯與盆才怪展開對決。儘管盆才怪靈活運用「假哭」與頑強的防守意志應戰，展現出超越外表的鬥志，但小剛仍憑藉經驗看穿其戰術，最後投擲出精靈球成功將其收服。帶著這位愛撒嬌又有些狡黠的新夥伴盆才怪，小智一行人告別了一子老師與忍者學校，繼續朝著下一個目的地前行。