抵達臨津鎮與神祕的傳聞
小智一行人在前往卡那茲市的旅途中，來到了繁華的臨津鎮。在享受城市氛圍的同時，小剛忙著採購旅行物資，而小智與小勝則在巷弄間意外發現了一隻性格乖僻的蘑蘑菇。小勝試圖與它交朋友卻被施放了「麻痺粉」，最後在小智分享小剛特製的寶可夢食物後，蘑蘑菇才放下戒心。與此同時，小遙與小剛聽到了關於鎮郊「綠之館」的恐怖傳聞，據說那座即將拆除的廢棄大宅被詛咒，進去的工人都會莫名病倒。
綠之館的真相
眾人在大宅門口匯合，隨後遇到了大宅繼承人安住先生。安住先生解釋這座大宅曾是他祖父的居所，以前周圍充滿森林，住著許多蘑蘑菇，但隨著都市開發，森林消失，蘑蘑菇也隨之不見。小智一行人跟隨剛才那隻蘑蘑菇進入宅邸內部，驚訝地發現裡面竟然躲藏著一大群蘑蘑菇。原來，外傳的詛咒其實是蘑蘑菇們為了守護最後的棲息地，對入侵者施放「麻痺粉」所致。小勝敏銳地察覺到，蘑蘑菇們並不是在作祟，而是因為家園即將被毀而感到悲傷。
對抗火箭隊的襲擊
此時，一直潛伏在工地打工的火箭隊突然現身，武藏與小次郎駕駛著配備先進空氣過濾系統與防電裝置的機械，企圖抓走所有的蘑蘑菇與皮卡丘。蘑蘑菇們集體發動「麻痺粉」攻擊，卻被機械的過濾系統擋住。為了不讓粉末波及城鎮，小剛派出佛烈托斯使用「高速旋轉」將粉末吹散。然而，火箭隊的喵喵為了通風不慎打開窗戶，讓蘑蘑菇們趁機將「麻痺粉」與「寄生種子」射入機體內部。最後，在小遙的火稚雞使用「火花」以及皮卡丘的「打雷」強力一擊下，火箭隊被打飛到了天際。
守護蘑蘑菇的森林
戰鬥結束後，安住先生深受觸動，他決定改變原有的開發計畫。他宣布不再興建大樓，而是要拆除老舊的大宅，並在原址種植更多的樹木，將這裡徹底改造成一座屬於蘑蘑菇的森林公園。看到蘑蘑菇們終於有了安穩的家，小智一行人放心地告別了安住先生與蘑蘑菇，帶著溫暖的回憶繼續踏上前往卡那茲市的旅程。