初遇灣岸救助隊與步哨鼠的糾結
小智、艾莉絲、天桐與N一行人抵達了立脇市，在前往白之遺蹟的旅途中，意外目擊到濃煙。原本以為發生火災的小智等人急忙趕往現場，卻發現這是一場由「寶可夢灣岸救助隊」進行的消火訓練。救助隊隊長博人向大家介紹了他的夥伴：雙刃丸、輕飄飄以及負責監測與疏導的步哨鼠。然而，步哨鼠對於自己只能擔任後勤監測工作感到不滿，牠渴望像雙刃丸一樣站在第一線參與救援。為了安撫步哨鼠，博人同意對牠進行救援測試，雖然步哨鼠在力量與破壞障礙物上表現出色，卻因為無法使用水系技能而在消火測試中失敗，博人藉此叮嚀牠，發揮自身卓越的感應能力擔任監測，也是守護生命的重要一環。
康拜因化工廠的突發危機
正當眾人討論救援意義時，化工廠突然發生嚴重的爆炸事故，當時還有幼兒園的孩子在場參觀。博人立刻率領救助隊趕往現場，小智一行人也主動請纓幫忙疏散群眾。在此過程中，N對於人類讓寶可夢參與危險救援工作的行為表示質疑，認為這會損害寶可夢的幸福。然而，火箭隊卻趁亂利用事故製造混亂，企圖抓走皮卡丘。小智雖然成功擊退火箭隊並奪回皮卡丘，但工廠內部火勢加劇，引發了二次爆炸，導致博人與雙刃丸等寶可夢被困在封閉的地下設施中，現場火情告急。
同心協力的地底大救援
面對無法消滅的烈火與被困的夥伴，艾莉絲派出龍頭地鼠企圖挖開地道救人，卻因地底岩盤過於堅硬而受阻。此時，天桐提議利用步哨鼠能透視地表與牆壁的感應能力來導航。N發揮他能聽見寶可夢心聲的天賦，引導步哨鼠探測地底結構，並將訊息傳達給艾莉絲與龍頭地鼠，成功繞過岩盤挖通地道。抵達受困地點後，小智的水水獺與博人的寶可夢們合力使用水炮，步哨鼠也發揮機智使用潑沙輔助，終於撲滅了威脅化工廠的火源，解除了一場大慘劇。
救援精神的體悟與新的旅程
事故解決後，N在與步哨鼠心靈相通的過程中深受感動。他意識到，步哨鼠想要救人的心並非受人強迫，而是出自於內心深處對夥伴與人類的關懷。N明白到，尊重寶可夢想要守護他人的意志，也是一種幸福。博人隊長感謝眾人的協助，並承諾未來會更妥善發揮每位寶可夢夥伴的特長，繼續守護灣岸的安全。告別了救助隊，小智一行人帶著新的感悟，繼續朝向白之遺蹟邁進。