噴火龍的強勢回歸與重逢
在小智與煙墨道館館主小樁追擊奪走「龍之牙」的火箭隊途中，天空中突然出現了一個熟悉的黑影，原來是小智留在噴火龍山谷修行的噴火龍。隨後，噴火龍山谷的管理員紀珂也帶著她的噴火龍「小麗」現身。紀珂解釋說她與小樁是青梅竹馬，經常會帶著噴火龍來到這片適合修行的「龍之聖域」鍛鍊。久別重逢的噴火龍一見面就給小智送上了招牌的噴火攻擊，展現出它變得更加強壯的體魄。得知龍之牙被偷後，紀珂與噴火龍也決定加入追蹤行列。
火箭隊引發的聖域危機
與此同時，受騙的快龍帶著火箭隊來到了聖域中的「龍之祠堂」休息。這座祠堂內供奉著象徵人與寶可夢和平相處、燃燒超過五百年的「祈願之火」。火箭隊見財起意，試圖偷走盛裝聖火的金器。在爭奪過程中，小次郎不慎打翻了聖火，導致火焰迅速蔓延，引發了嚴重的森林大火。快龍見到自己守護的聖域遭到破壞，憤怒瞬間爆發，進入了極度混亂且具有毀滅性的「逆鱗」狀態。
合力鎮壓暴走的快龍
小智一行人趕到現場，小剛與小霞立即指揮寶可夢們展開滅火與救助野生寶可夢的行動。面對失去理智、無差別發射「破壞光線」的快龍，小樁試圖喚醒它卻險些受傷。為了制止快龍，小智與小樁決定聯手。小樁指揮哈克龍使用「神祕守護」保護大家並召喚雷雲，配合皮卡丘的打雷讓快龍陷入短暫的麻痹。小智則命令噴火龍使用「火焰旋渦」將快龍噴出的破壞光線封鎖在火球中。在眾人的通力合作下，快龍終於耗盡體力，從逆鱗狀態中清醒過來。
重奪龍之牙與最後的道館戰
清醒後的快龍看到被焚毀的森林感到十分哀傷，周圍的寶可夢紛紛圍過來安慰這位守護神。火箭隊趁隙想帶走龍之牙，被皮卡丘以十萬伏特打飛到天際，龍之牙也由小智順利奪回。隨著危機解除，小樁對小智等人的英勇表現深表感謝。由於當天的騷動，兩人的道館比賽決定延後至隔日重新舉行。小智與重回陣容的噴火龍摩拳擦掌，準備迎接爭取成都聯盟最後一枚徽章的關鍵一戰。