前往傳說中的快龍島
小智與小豪在櫻木研究所看到快龍救助遇難船長的新聞，對這種充滿謎團的寶可夢產生了濃厚興趣。櫻木博士解釋說，雖然快龍是極受歡迎的寶可夢，但其野外生態與棲息地仍是未解之謎，甚至傳聞大海中有一座只有快龍居住的島嶼。為了揭開謎團，兩人決定出海尋找。航行途中，小豪順利收服了一隻白海獅作為水上坐騎，卻不幸遇上強烈暴風雨。就在兩人落水遇險時，一群快龍及時出現救了他們，並帶領他們來到了一座地圖上未標示的神祕島嶼——快龍島。
哈克龍的飛行特訓
抵達島嶼後，小智與小豪親眼見證了迷你龍蛻皮以及哈克龍群飛行的壯觀景象。小豪透過觀察推測，快龍島之所以能隱藏至今，是因為哈克龍擁有操縱天氣的力量，將島嶼籠罩在風暴之中。此時，小智遇到一隻無法順利飛行的哈克龍，牠正努力練習透過「龍之舞」來強化身體能力。為了幫助這隻哈克龍，小智決定與牠一起進行特訓，甚至讓皮卡丘使用「電網」作為蹦床，親自示範如何跳躍與旋轉。在小智的熱情鼓勵與陪伴下，哈克龍逐漸掌握了飛行的技巧。
火箭隊的突襲與進化的一瞬間
火箭隊也盯上了這群強大的快龍，他們利用假裝遇難的演技誘捕了快龍。為了抓捕小智與哈克龍，火箭隊利用秘密扭蛋機召喚出吼鯨王。雖然吼鯨王只會使用「躍起」招式，但其巨大的體型引發了巨大的騷亂，導致小智在混亂中從高空墜落。看著救命恩人陷入危機，那隻與小智建立深厚友誼的哈克龍在強大的保護意志下，竟當場進化成快龍，並在千鈞一髮之際接住了小智。隨後，進化後的快龍展現強大實力，與皮卡丘聯手將火箭隊擊飛。
新夥伴與守護樂園的決定
戰鬥結束後，小智領悟到快龍長出手腳的理由，正是為了更溫柔地救助他人。這隻新進化的快龍主動向小智撒嬌，表達了想跟隨他的意願，小智也正式收服了他在旅途中的第一隻強大龍屬性夥伴——快龍。回到研究所後，雖然快龍島的發現極具研究價值，但為了不讓外界打擾寶可夢們安靜的生活，小智與小豪決定對島嶼的地點保密，將這份神祕感與守護之心延續下去。