偶遇受傷的忍者少年三平
小智與皮卡丘、呱呱泡蛙在前往海翼市的森林中進行對戰訓練時，發現了從河流上游漂流而下的忍者少年三平與他的甲賀忍蛙。當時甲賀忍蛙陷入了嚴重的劇毒狀態，幸好在希特隆與夥伴們的幫助下，利用桃桃果及時解毒才脫離危險。三平向小智一行人透露，他正受到師父才藏的指示，必須在日落之前將一份記載著村子古老忍術的「秘密之書」送往指定的宅邸，然而他在路途中遭到了神祕的面具忍者及其寶可夢龜足巨鎧的襲擊，才會身陷困境。
克服險境與希特隆的科學支援
得知三平的處境後，小智決定助他一臂之力。為了擺脫追兵並爭取時間，希特隆展現了「科學的力量」，拿出發明「腳印踩踩機」製造大量的虛假足跡，成功誤導了同樣想趁亂奪取皮卡丘的火箭隊。隨後，眾人選擇了一條雖然險峻但能通往宅邸的捷徑，在攀越懸崖並避開洞穴中大嘴蝠群的騷擾後，終於來到了宅邸附近的平地。然而，面具忍者早已在那裡恭候多時，雙方隨即展開一場賭上秘密之書的忍者決鬥。
呱呱泡蛙的進化與試煉的真相
在戰鬥過程中，龜足巨鎧展現出強大的壓制力，使皮卡丘與甲賀忍蛙一度陷入苦戰。就在千鈞一髮之際，小智的呱呱泡蛙展現出保護同伴的強烈意志，成功進化為「呱呱赤顎」，並領悟了新招式「燕返」。憑藉著進化的力量與靈活的動作，呱呱赤顎成功扭轉戰局。面具忍者隨後撤退，引導眾人進入宅邸。最終真相大白，原來面具忍者的真面目正是三平的師父才藏，這場襲擊其實是為了測試三平在修行旅途中的成長與羈絆而設下的考驗。三平雖然送達的是卷白紙，但他展現出的勇氣獲得了認可。最後，小智與進化後的呱呱赤顎，與三平相約進行一場更高水準的對戰。