旅程的終點與新的起點
在長途旅行結束後，小智與多年來的旅伴小霞和小剛在分岔路口告別。小霞返回華藍市，而小剛則回到深灰市，小智與皮卡丘則踏上了回歸故鄉真新鎮的最後一段路。回到家後，小智受到了媽媽花子與魔牆人偶的熱烈歡迎，在熟悉的家中享受了久違的溫馨晚餐，並在睡前回味著旅途中的種種奇遇，包括曾遇到的傑尼龜以及神獸拉帝亞斯與拉帝歐斯。
大木研究所的意外與重逢
隔日清晨，小智前往大木研究所探望大木博士，並與好久不見的小健重逢。當時，原本準備交給新人訓練家的三隻最初夥伴寶可夢中，小火龍意外失蹤。小智隨即展開搜索，在懸崖邊發現了受困的小火龍並成功將其救出。此時，宿敵兼好友的小茂出現了，他祝賀小智獲得世界冠軍，但也拋出了一個深刻的問題：「成為冠軍的你，距離真正的寶可夢大師還有多遠呢？」這讓小智陷入了沉思。
火箭隊的突襲與大比鳥的回歸
小智帶著皮卡丘來到常青森林散步，卻遭遇了重整旗鼓、決定重回邪惡本行的火箭隊。武藏、小次郎與喵喵聯手突襲，由於小智將其他寶可夢都留在了研究所，皮卡丘一度陷入險境被抓走。就在危急關頭，小智當年留在森林保護波波群的大比鳥帥氣現身，不僅救下皮卡丘，更展現出強大的實力擊退了火箭隊。最終，大比鳥重新回到了小智的隊伍中，老隊友再度並肩作戰。
何謂「寶可夢大師」的答案
在一場午後陣雨中，小智與皮卡丘躲在樹下避雨。看著身邊的夥伴，小智終於對小茂的問題有了答案。他認為成為冠軍並非終點，而是一個新的起點；真正的「寶可夢大師」，是能夠與世界上所有的寶可夢成為朋友的人。雨過天晴後，小智換上了一雙嶄新的鞋子，在分岔路口拋出一根樹枝決定方向，帶著皮卡丘再次展開無止盡的冒險，向著成為大師的夢想前行。