消失的孩子與沒精神的寶可夢
小智、小霞與小剛一行人來到了大樓林立的「唷唷唷鎮」。在街上，他們遇到了一位焦急尋找兒子的母親，並得知鎮上最近三天發生了多起小孩失蹤的神秘事件。眾人隨後前往寶可夢中心，喬伊小姐也反映中心內的寶可夢們在三天前突然變得毫無精神，連平常充滿活力的皮卡丘也陷入了昏沉狀態。君莎小姐利用「睡眠波感應器」探測到鎮上散發著強烈的睡眠波，認為這就是引發一切異狀的根源。
引夢貘人的催眠力量與副作用
眾人循著信號來到了一棟摩天大樓頂層的豪華豪宅，發現這裡是「寶可夢愛好者俱樂部」的所在地。俱樂部會長解釋，為了治療城市人的失眠症，他們讓三天前剛進化的「引夢貘人」發射睡眠波來助眠。然而，針對人類調整過的波動產生了意想不到的副作用：不僅導致寶可夢們失去活力，還讓對波動敏感的孩子們產生了「寶可夢化」現象。小霞在現場不慎被睡眠波擊中，也開始像「小海獅」一樣在地上爬行並發出叫聲。
火箭隊的干擾與事件的解決
小智一行人在公園找到了那些失蹤的孩子，發現他們正集體模仿各種寶可夢。為了拯救大家，小智決定帶回俱樂部的「催眠貘」，利用其特有的夢境波動來抵銷催眠效果。此時，火箭隊出現並企圖奪取引夢貘人，武藏與小次郎拿出了巨大的鏡子試圖反射睡眠波，卻以失敗告終。最後小智與小霞分別派出比比鳥與海星星，成功將火箭隊擊飛。在催眠貘的協助下，孩子們終於從幻覺中清醒並與家人團聚，寶可夢中心裡的夥伴們也恢復了健康。
意外的驚喜：可達鴨加入
雖然事件圓滿解決，但寶可夢中心裡依然有一隻「可達鴨」不停地抱著頭顯得十分煩惱。小剛原本答應喬伊小姐要幫忙照顧，但在了解可達鴨那「天生頭痛」的特質後，便將這個差事推給了擅長水屬性寶可夢的小霞。在一陣混亂中，小霞不小心掉落了精靈球，可達鴨卻陰錯陽差地自己啟動開關進入球內。儘管小霞對這隻看起來呆頭呆腦的新同伴感到無奈，但也只能接受這個事實。就這樣，小智一行人帶著新的夥伴，繼續踏上前往下一個道館的旅程。