槍之柱的最終決戰
在神奧地區的天冠山頂部「槍之柱」，銀河隊的首領赤日利用從三湖神（亞克諾姆、艾姆利多、由克希）身上提取出的紅色鎖鏈，成功控制了這三隻傳說中的寶可夢。儘管小智、小光和小剛試圖反抗，但在赤日強大的意志與神之力的支配下，眾人的寶可夢紛紛陷入苦戰。此時，神奧冠軍竹蘭與國際警察帥哥及時現身救出小智等人，然而銀河隊的野望已經進入了最後階段。
時間與空間神的降臨
赤日利用金剛寶珠與白玉寶珠的力量，配合三湖神的能量，在槍之柱召喚出了掌管時間的傳說寶可夢「帝牙盧卡」與掌管空間的「帕路奇亞」。藉由紅色鎖鏈形成的環狀結構，赤日成功將這兩大正神束縛，並強行命令牠們釋放力量以創造一個「沒有心靈」的完美新世界。隨著能量的不斷增強，一個巨大的時空漩渦在天冠山頂端生成，古老的宇宙秩序開始崩解，整個神奧地區面臨消失的危機。
赤日的消失與新世界的幻滅
在時空扭曲的中心，新世界的入口已經開啟。赤日狂熱地宣稱這是一個充滿秩序、沒有紛爭的世界，並冷酷地拒絕了部下夥星與鎮星跟隨的請求，認為情感只會汙染他的完美世界。赤日最終獨自走入時空漩渦中，隨後入口消失，留下錯愕的銀河隊成員。然而，失去控制的時空能量開始反轉並收縮，若不立即阻止，產生的能量臨界點將會吞噬整個神奧地方。
心靈感應與平息憤怒
在這危急時刻，小智、小光和小剛分別與亞克諾姆、艾姆利多、由克希產生了強烈的心靈感應。藉由孩子們對寶可夢最真摯的情感，三湖神重獲自由並與孩子們合力發揮力量，逐步中和了帝牙盧卡與帕路奇亞身上的紅色鎖鏈。在眾人與寶可夢一心的祈禱下，兩大傳說寶可夢終於恢復平靜，時空扭曲也隨之消散，神奧地區重歸和平。最終，銀河隊徹底瓦解，三湖神回到了各自守護的湖泊，小智一行人也再次踏上各自的夢想旅程。