波加曼神祕失蹤與神奧地區的門扉異變
在神奧地區，小光正為了即將到來的寶可夢華麗大賽進行練習，卻發現夥伴波加曼顯得異常疲累且嗜睡。就在此時，一個與小光長得一模一樣的神祕少女從一個發光的「門」中出現，並帶走了波加曼進入光洞後消失。與此同時，小智、小豪與小春也因為神奧地區頻發的寶可夢失蹤事件而前往當地，並與小光會合。根據君莎小姐的情報，這些神祕的光洞被稱為「門」，似乎連結著另一個世界。
兩個世界的衝突與神祕的火箭隊
眾人調查期間，火箭隊（武藏、小次郎與喵喵）出現並試圖搶奪皮卡丘。就在戰鬥時，另一個發光的「門」再次開啟，從中出現了另一組穿著不同制服、紀律嚴明的火箭隊。這群來自異世界的火箭隊展現出強大的實力，不僅擊退了原本的火箭隊，還使用神祕裝置捕獲了小智的路卡利歐與小豪的千面避役。在追擊過程中，小豪與小光意外穿過「門」來到了另一個平行的神奧地區。
時空扭曲的異象與寶可夢退化現象
來到異世界後，小豪與小光遇見了這個世界的「另一個小光」。對方表示，因為這個世界發生了嚴重的時空異變，寶可夢們不僅會遺忘招式，甚至會隨著時間倒流而退化回進化前的模樣，最後甚至變回寶可夢蛋。異世界的小光因為自己的波加曼變成了蛋，才出於思念之情帶走了另一個世界的波加曼。小豪推測，這一切異象可能與傳說中的寶可夢帝牙盧卡和帕路奇亞有關，這兩尊神明正因某種原因導致時間與空間發生了劇烈扭曲。
冠軍竹蘭的協助與最後的集結
留在原本世界的小智與小春為了尋找同伴，前往水脈圖書館調查傳說寶可夢的文獻。在那裡，他們遇到了神奧地區的冠軍竹蘭，並從中得知有關司掌空間的帕路奇亞與司掌時間的帝牙盧卡的傳說。此時，異世界的火箭隊再度現身圖書館企圖擄走皮卡丘。在混戰中，皮卡丘的招式也開始因為時空扭曲而受到影響。為了奪回夥伴，小智與小春在竹蘭的掩護下，毅然跳入異世界的「門」。當小智抵達另一側時，卻驚訝地發現皮卡丘退化了，而出現在他面前的竟是另一個變回小孩子模樣的「自己」。