錯過定期船與神祕的邀請
小智、小霞與小剛為了參加即將在赤岩島舉行的『漩渦盃』，抵達了奧基市的港口。然而，因為小智在吃飯時多次續碗耽誤了時間，眾人趕到碼頭時只能眼睜睜看著前往赤岩島的定期船離去。由於當天已無其他船班，正當大家為此苦惱時，一位名叫露嘉的水中寶可夢研究員主動提議，可以搭乘她的船順道送他們前往赤岩島。
銀色之羽與沉沒船的傳說
在航行途中，露嘉向小智他們展示了一張古老的海圖與曾祖父的照片。她透露曾祖父曾獲得過一枚與神祕寶可夢有關的『銀色之羽』，但在運送途中遭遇漩渦，導致船隻『樹莓號』沉入海底。為了完成曾祖父的遺願並證明『銀色之羽』的存在，露嘉多年來一直在尋找這艘沉船。深受感動的小智與小剛決定發揮冒險精神，協助露嘉進行海底打撈。
海底守護者巨翅飛魚與鐵砲魚
眾人抵達目標海域並換上潛水裝備下水，卻發現沉船附近有一隻強大的巨翅飛魚在巡邏。每當有人試圖靠近，巨翅飛魚就會發動攻擊，且身邊還跟隨著許多會發射水槍的鐵砲魚。小智派出皮卡丘與鯉魚王試圖引開守護者，但在交戰過程中，眾人發現巨翅飛魚與鐵砲魚似乎是為了守護沉船內的鐵砲魚幼苗。與此同時，一直躲在暗處的火箭隊也計畫著要奪取沉船中的寶藏與巨翅飛魚。
火箭隊的亂入與共生真相
火箭隊駕駛機械潛水艇現身，趁亂奪走了露嘉剛從沉船中取出的寶箱，並用捕獲器抓住了巨翅飛魚。此時，鐵砲魚群集體發動攻擊試圖救回巨翅飛魚，露嘉解釋這正是兩者之間的『共生關係』：鐵砲魚協助防禦，而巨翅飛魚則提供保護。小智與皮卡丘趁機反擊，搭乘著巨翅飛魚追上火箭隊。皮卡丘使出強力的十萬伏特將火箭隊擊飛，順利奪回了寶箱。
閃耀的銀色之羽與抵達赤岩島
回到船上後，露嘉打開了密封的寶箱，裡面裝著的正是一枚散發著神祕銀色光芒的『銀色之羽』。這份發現證明了曾祖父的記載是真實的，也為神祕寶可夢的研究踏出了重要的一步。最後，露嘉的船平安抵達了赤岩島。看著充滿熱鬧氣氛的島嶼，小智與小霞都充滿了鬥志，準備迎接即將開始的漩渦盃預賽。