龍之怒帶來的災難
故事延續上一集，小智一行人在海上遭遇了由鯉魚王進化的暴鯉龍。暴鯉龍使出強大的必殺技「龍之怒」，形成巨大的龍捲風將小智、小霞、小剛以及火箭隊的武藏、小次郎等人全部捲入其中。在混亂的激流中，眾人與自己的寶可夢失散，最終被沖到了一座神祕的島嶼上。
與寶可夢們的分離
小智、小霞與小剛在沙灘上醒來，發現皮卡丘以及裝有妙蛙種子、傑尼龜和小火龍的精靈球都不見了，身上只剩下兩顆精靈球。與此同時，火箭隊的武藏和小次郎也面臨同樣的窘境，他們不僅弄丟了喵喵，連阿柏蛇與瓦斯彈的精靈球也消失無蹤。雙方都在島上焦急地尋找各自的夥伴。
寶可夢的心聲與夜話
這一集的特別之處在於描繪了寶可夢們獨自相處的情景。皮卡丘、小火龍、傑尼龜與妙蛙種子在島上會合後，遇見了同樣落難的阿柏蛇與瓦斯彈。儘管喵喵試圖指使阿柏蛇與瓦斯彈攻擊小智的寶可夢，但牠們卻表示「寶可夢沒有壞人」，只是因為聽從壞主人的命令才做壞事。這群寶可夢在篝火旁一起吃東西、聊天，展現了超越陣營的友誼，並對失蹤的主人們感到擔憂。
驚人的巨大的寶可夢現身
隔日，小智一行人與火箭隊在尋找夥伴的過程中，驚恐地發現島上竟然棲息著體型巨大的寶可夢，包括巨大的皮卡丘、噴火龍、水箭龜以及妙蛙花。這些巨大寶可夢散發著驚人的壓迫感，眾人在島上展開了一場驚心動魄的逃亡。最終，小智一行人與火箭隊在失控的礦車上重逢，並在危急時刻救回了皮卡丘等寶可夢。
樂園的真相與落幕
就在礦車失控衝向大海時，真相終於大白。原來這座島是火箭隊老大坂木投資建設的「寶可夢樂園」，那些巨大的寶可夢全都是機械構造的遊樂設施。因為礦車的衝撞，昂貴的機械設施紛紛損毀，這讓遠在總部的坂木老大感到無比憤怒。小智一行人最終平安離開小島，抵達了旅遊勝地藍普魯奇，而岸邊的一隻呆呆獸也在海邊成功進化成了呆殼獸。