波尼島新任島嶼女王的誕生
故事在波尼島的彼岸遺跡拉開序幕。在卡璞・鰭鰭的見證下，哈普烏穿著莊重的祭典服飾跳起神聖的舞蹈，正式接任成為波尼島的「島嶼女王」。在小智、莉莉艾、卡奇等人的觀禮下，卡璞・鰭鰭現身並降下祝福，認可了哈普烏的身份。完成就職儀式的哈普烏隨即履行職責，接受小智的挑戰，開始波尼島的大試練。
特殊的海中戰場與實力懸殊的對決
大試練的對戰地點位於海邊，由於正逢大潮，潮水退去後顯現出平時隱藏在海中的戰場。這是一場一對一的巔峰對決，哈普烏派出她的得力搭檔萬馬重泥挽馬，而小智則選擇了屬性上處於極大劣勢的皮卡丘。對戰由卡奇擔任裁判。面對地面屬性的萬馬重泥挽馬，皮卡丘的電屬性招式完全無效，且對方擁有「持久力」特性，每受到攻擊防禦力就會提升，讓戰況陷入苦戰。
陷入危機與皮卡丘的華麗反擊
萬馬重泥挽馬以強大的力量使出「十萬馬力」與「二連踢」，皮卡丘只能利用速度優勢艱難閃躲。哈普烏更使出了地面屬性的Ｚ招式「地平天翻」，強大的衝擊將皮卡丘震飛至高空。就在眾人以為皮卡丘將因墜落而失去戰鬥能力時，小智冷靜地下令皮卡丘朝地面發射「電網」作為緩衝，成功化險為夷。這個出人意表的策略贏得了哈普烏的讚賞。
靈活運用環境，智取大試練
小智觀察到戰場周圍因戰鬥濺起的大量海水，靈機一動，指示皮卡丘利用速度在海邊的石柱間穿梭，引導萬馬重泥挽馬發動攻擊並濺起海水。被海水全身淋濕的萬馬重泥挽馬陷入了「浸水」般的狀態，使其能被電屬性招式攻擊。小智看準時機讓皮卡丘發揮全力，最終以強力的電擊擊倒了萬馬重泥挽馬，贏得了大試練的勝利。
獲得鋼Ｚ與波尼島自由研究的尾聲
勝利後，哈普烏拿出一盒Ｚ純晶讓小智挑選，皮卡丘選中了「鋼Ｚ」。就在儀式結束之際，卡璞・鰭鰭再度現身於空中，對小智與哈普烏表示嘉許。隨著自由研究的時間結束，眾人告別了哈普烏並帶著特產波尼大根搭船離開波尼島。每個人都在這段旅程中獲得了成長，為這段波尼島的冒險畫下了完美的句點。