岩狗狗的異常與深夜的離去
在結束了與阿卡拉島島嶼女王麗智的大試練後，小智一行人準備在翌日啟程返回。然而，庫庫伊博士在之前的戰鬥中觀察到，小智的岩狗狗因為進化在即，性格變得異常急躁且富有攻擊性。深夜，岩狗狗獨自溜出寶可夢中心，皮卡丘發現後趕緊喚醒小智。小智在森林中發現岩狗狗正處於激動狀態，甚至在混亂中咬傷了小智的手臂，隨後再次跑開消失在黑夜中。
尋找失蹤的岩狗狗
隔日清晨，眾人分頭展開大規模搜索。麗智提到，當初她的岩狗狗在進化前也曾獨自離開，回來時已進化成鬃岩狼人。然而，小智擔心的是岩狗狗身上帶著傷。此時，格拉吉歐正躲在山洞中安撫他的神秘夥伴「屬性：空」，避免牠被他人看見，而他的鬃岩狼人（深夜樣子）則察覺到了岩狗狗的求救聲。
生命遺跡的治癒與守護神
受傷的岩狗狗在海邊遇到了阿卡拉島的守護神卡璞・蝶蝶。生性既天真又殘酷的卡璞・蝶蝶以「遊戲」為名對岩狗狗發動猛烈攻擊，將其打得遍體鱗傷。危急時刻，麗智的鬃岩狼人（白晝樣子）與格拉吉歐的鬃岩狼人（深夜樣子）同時現身保護岩狗狗，並將牠帶往生命遺跡。小智隨後趕到，卡璞・蝶蝶透過「吸取之吻」吸收了小智與兩隻鬃岩狼人的能量，並將這些能量轉化為生命力灌注給岩狗狗，終於讓岩狗狗康復。
前所未見的黃昏進化
就在岩狗狗康復之際，正值傍晚時分，地平線上的太陽在落下的一瞬間閃耀出罕見的自然現象「綠閃光」。在卡璞・蝶蝶的注視與綠光的籠罩下，岩狗狗開始進化。令人驚訝的是，牠進化的形態既不是「白晝樣子」也不是「深夜樣子」，而是擁有橘色鬃毛與綠色眼睛的全新形態。庫庫伊博士將其命名為「鬃岩狼人 黃昏的樣子」。這場奇蹟般的進化讓洛托姆圖鑑也查無資料，感到無比興奮。
告別阿卡拉島
隨著大試練的結束與岩狗狗的成功進化，小智一行人搭船告別麗智與阿卡拉島。洛托姆圖鑑決定將這筆全新的數據自行記錄，成為圖鑑進化的開端。小智與進化後的鬃岩狼人約定，未來要在這個成長的地方繼續努力，朝著更強的目標邁進。這段充滿驚奇的阿卡拉島冒險，在夕陽餘暉中圓滿落幕。