初抵尼比市與神祕男子
小智與小霞穿過常青森林後，終於抵達了尼比市。在城鎮入口處，他們遇到了一位名叫武能的神祕男子，他正坐在一堆石頭上向路人兜售作為特產的「醃菜石」。小智向其表露自己想成為寶可夢大師的志向，武能卻冷嘲熱諷。隨後，小智前往寶可夢中心，將疲憊的皮卡丘交給喬伊小姐照顧（此處喬伊小姐提到她是常青市喬伊小姐的姊姊）。在中心內，小霞向小智說明了參加寶可夢聯盟必須先挑戰各地道館並贏得徽章的規則。
初次挑戰尼比道館的慘敗
皮卡丘恢復精神後，小智滿懷信心地前往尼比道館發起挑戰。道館館主小剛現身，並說明道館賽是採用二對二的正式比賽規則。小剛首先派出地面與岩石屬性的「大岩蛇」，而小智則派出皮卡丘。然而，電屬性的攻擊對岩石系的大岩蛇完全無效，皮卡丘被大岩蛇使出的「緊束」攻擊困住，痛苦不堪。不忍心看到皮卡丘受苦的小智，在第一場戰鬥中便選擇主動棄權，並在遭受打擊的情況下離開道館。
小剛的背景與皮卡丘的特訓
戰敗後的小智遇到了武能，武能帶著他來到一處水車發電廠，並向他揭露了小剛不為人知的故事。原來小剛的父母多年前相繼離家，留下他獨自扶養十名年幼的弟妹，為了照顧家庭，小剛被迫放棄出外旅行的夢想，留在尼比市擔任館主。武能建議小智可以利用發電廠的高壓電為皮卡丘「充電」以增強電力。儘管小霞提議借出水屬性寶可夢來對抗岩石系，但倔強的小智堅持要以自己培育的皮卡丘堂堂正正地取勝。
激烈的重賽與意外的轉折
完成充電特訓後，小智再次挑戰尼比道館。他先派出比比鳥對抗小拳石，但發現屬性不利後隨即換上皮卡丘。皮卡丘展現了特訓成果，以強大電力擊敗了小拳石。接著小剛再度派出大岩蛇，並以此封鎖皮卡丘。在激戰中，皮卡丘散發的高壓電擊意外引燃了道館內的火災警報器，導致灑水系統啟動。由於岩石系極度怕水，全身濕透的大岩蛇陷入虛弱狀態，小智準備下令皮卡丘發動致命一擊。
道館賽的終結與新的旅程
就在獲勝在即時，小剛的弟妹們衝出來阻止小智傷害大岩蛇。小智看著小剛愛護寶可夢的心情，意識到若靠灑水系統的意外而獲勝並非實力，於是再次選擇放棄比賽。正當小智準備離開尼比市時，小剛追了上來，並主動將象徵館主認可的「灰色徽章」交給小智，表示他被小智對寶可夢的溫柔所打動。此時武能現身並坦承自己就是小剛不負責任的父親，他決定接手照顧家庭，讓小剛去追求成為「寶可夢培育家」的夢想。最後，小剛正式加入小智與小霞的行列，三人共同踏上前往華藍市的旅程。