小剛回歸尼比市與突如其來的監察官
在結束神奧地區的旅行後，小剛回到了故鄉尼比市，為了成為一名優秀的寶可夢醫生，他每日在照顧弟妹的同時勤奮苦讀。與此同時，他的弟弟次郎正以尼比道館代理館主的身份努力經營著道館。然而，一位神祕的挑戰者突然現身，她拒絕與次郎對戰，點名要求現任館主「小剛」出戰。這位女性隨後表明了身份，她竟然是寶可夢監察局的頂尖監察官——喬伊小姐。她的任務是評估各地道館是否具備公認道館的資格，若評分不及格，道館將面臨被撤銷資格甚至關閉的命運。
小剛的挫敗與武能的疏忽
儘管小剛解釋他已將館主之位傳給次郎，但喬伊小姐指出官方紀錄上仍登記為小剛。無奈之下，小剛派出胡說樹與喬伊小姐的吉利蛋對戰。面對實力強悍的吉利蛋，胡說樹雖然奮力應戰，卻因陷入「迷人」狀態而被擊敗。喬伊小姐對這場戰鬥的評價極低，認為尼比道館目前的狀況不具備公認資格。隨後，小剛的父母武能與美津子旅行歸來，眾人才發現是因為武能在去提交變更申請的路上，因被奇怪的石頭吸引而弄丟了文件，才導致館主變更手續未能完成。小剛嚴厲斥責了父母，並決定親自前往喬伊小姐下榻的寶可夢中心，為弟弟次郎爭取再次審查的機會。
次郎的實力展現與對抗拉帝亞斯
在小剛的懇求以及喬伊小姐觀察到小剛對待寶可夢的細心後，她答應隔日再次訪問道館對次郎進行正式審核。次郎雖然感到壓力巨大，但在小剛的鼓勵與全家人的加油聲中，他派出了王牌寶可夢超甲狂犀。令眾人驚訝的是，身為監察官的喬伊小姐竟然派出了傳說中的寶可夢——拉帝亞斯。這是一場極高水準的戰鬥，次郎展現了冷靜的判斷力，指揮超甲狂犀靈活運用「超級角擊」與「挖洞」來對抗拉帝亞斯的「龍之波動」與「自我再生」。雖然超甲狂犀最後因為屬性劣勢不敵拉帝亞斯的「冰凍光束」而戰敗，但次郎所展現出的卓越技術與不屈精神，讓監察官刮目相看。
尼比道館的守護與新的起點
戰鬥結束後，喬伊小姐給出了肯定的評價。她認為次郎是一位非常優秀且有前途的館主，足以成為其他訓練家的榜樣，並表示會向監察局報告維持尼比道館的公認地位。這消息讓全家人喜出望外，尼比道館的危機正式宣告瓦解。小剛看見弟弟已經能獨當一面，也更加堅定了自己的夢想。在監察官喬伊小姐的祝福下，小剛繼續朝著報考寶可夢醫生養成學校的目標邁進，而尼比道館也將在次郎的帶領下，開啟全新的篇章。