久違的重逢與神祕的邀請函
小智、小剛、小遙和小勝在前往秋葉鎮的旅途中，於湖畔與昔日的旅伴小霞及她的寶可夢波克比驚喜重逢。小霞向眾人展示了一張「波克比祭典」的邀請函，內容是邀請波克比的訓練家前往飯店聚會。正當大家準備一同前往時，偽裝成祭典工作人員的火箭隊突然出現，強行將小霞與波克比帶往「VIP室」，隨後啟動飛行機械將他們帶離現場，小智一行人也緊跟在後登上了飛行器。
蜃氣樓王國的野心
眾人穿過猛烈的沙塵暴後，抵達了神祕的「蜃氣樓王國」。此時，火箭隊揭露了真實身份，而幕後主使者——王國的攝政王漢佐也隨之現身。漢佐表示他為了某種目的需要波克比，但並不需要訓練家，隨即派出強大的蟲屬性寶可夢脫殼忍者與鐵面忍者發動攻擊。由於小霞非常害怕蟲屬性寶可夢，小智與小剛決定留下斷後，讓小遙和小勝帶著小霞先行逃走。
莎拉公主與波克比的傳說
在逃跑過程中，波克比因為漢佐的攻擊而不慎受傷並墜入水中，隨後被蜃氣樓王國的莎拉公主救起並細心包紮。米蘭達向趕來的小智一行人解釋了王國的傳統：波克比在該國被視為自由與和平的守護神，歷代繼承王位者必須在繼承儀式前尋獲波克比，才能獲得正式的認可。漢佐企圖利用小霞的波克比來奪取王位繼承權，並渴望獲得波克比身上潛藏的神祕力量。
幻象神殿與逼近的危機
雖然國王與公主希望能保護小智一行人安全離境，但此時天空中突然出現了巨大的神殿蜃氣樓，受傷的波克比感應到了幻象彼端的「樂園」，竟散發出光芒並漂浮向空中。緊追不捨的漢佐與火箭隊再度現身，漢佐野心勃勃地命令脫殼忍者使用陽光烈焰發動猛攻。面對漢佐強奪波克比的陰謀，小智一行人與王國的命運都陷入了巨大的危機之中，故事也在此進入最高潮的對峙。