小智與小遙的迷惘
在寶可夢對戰開拓區的最後一站——對戰金字塔敗北後，小智為了尋找「只有自己才能做到的對戰風格」而陷入沉思。與此同時，小遙也因為在大型慶典中敗北，意識到自己的風格過於模仿小智而遇到瓶頸，正努力與剛從家鄉送來的向尾喵以及學會了「精神強念」的狩獵鳳蝶進行合擊特訓，希望能克服目前的困境。
大木博士的陣中探望與激勵
正當兩人陷入低潮時，大木博士突然現身探望。他帶來了研究所中眾多寶可夢們共同製作的腳印加油布條，上面佈滿了小智曾經夥伴們的痕跡，還有小智媽媽親手做的便當以及小霞寄來的特製誘餌球。此外，大木博士還轉達了遠在神奧地區進行研究的小茂所寄來的鼓勵，這讓小智深受感動，重新燃起鬥志，決心不再停下腳步。
宿敵小瞬的出現與雙打對戰
在休息期間，小遙的勁敵小瞬帶著他的新夥伴「巴大蝶」現身。為了幫助小遙找回信心並突破現狀，小瞬主動提出了雙打練習賽。此時火箭隊企圖搗亂，卻被同樣來到此地的哈利阻止。哈利意外地表現出帥氣的一面，在趕走火箭隊後，與眾人一同擔任這場練習賽的觀眾。比賽由大木博士和喬伊小姐擔任評審，小遙派出狩獵鳳蝶與力壯雞，對決小瞬的羅絲雷朵與巴大蝶。
尋找自我的風格
對戰中，小遙雖然積極進攻，利用力壯雞的火焰與狩獵鳳蝶的精神強念組成連擊，但小瞬以更高明的技巧將對手的招式化為己用，展現出壓倒性的協調家實力。最終，小遙雖然全力以赴甚至使出力壯雞的「過熱」，仍不敵小瞬完美的防禦與反擊。雖然輸掉了比賽，小遙卻因此豁然開朗，體會到必須以自己獨有的方式讓寶可夢發光發熱的重要性。
新的旅程與目標
戰鬥結束後，小瞬與哈利告知眾人他們準備前往「城都地區」參加下一階段的大型慶典。受到勁敵們的啟發，小遙也確立了新的奮鬥目標，不再迷惘。而小智看著同伴們的成長，也更加堅定了信心，準備在對戰金字塔的重賽中展現出屬於自己的戰鬥風格，奪取最後的開拓象徵。