神奧聯盟落幕與未來的抉擇
隨著神奧聯盟鈴蘭大會正式結束，小智、小光與小剛一行人搭乘郵輪前往雙葉鎮。在航行途中，三人聊起了未來的規劃：小智決定先回真新鎮再作打算，小剛則計畫回深灰市，而小光也邀請大家在離別前先到她家作客。這時，他們遇到了正在實習的寶可夢保育員諾布子，她正帶著一群幼年寶可夢，包括皮丘、皮寶寶、寶寶丁、熊寶寶、露力麗、迷唇娃與小果然，小剛也展現出專業的培育家知識給予建議。
毒刺水母的襲擊與皮丘的危機
與此同時，火箭隊在海底意外搶走了毒刺水母視為寶物的稀有瓶蓋，導致憤怒的毒刺水母群發起猛烈攻擊，甚至衝撞郵輪導致小智的皮卡丘受傷中毒。小剛及時用桃桃果治好了皮卡丘，但憤怒的毒刺水母群隨後襲擊了保育員照顧的寶可夢，其中一隻皮丘遭到「毒擊」重創，陷入昏迷。雖然小剛冒險引開毒刺水母並歸還瓶蓋，暫時平息了牠們的怒火，但船上缺乏醫療設備，多隻幼年寶可夢也開始出現中毒症狀，情況十分危急。
小剛的緊急救援與醫療奇蹟
面對醫療資源匱乏的窘境，小剛展現了極高的專業素養與使命感。他先從貨艙中尋找剩餘的樹果，並從乘客那裡得到了具備解毒效果的釜炎仙貝。然而，皮丘的傷勢最為嚴重，小剛透過視訊連線與喬伊小姐取得聯繫，在喬伊小姐的鼓勵下，小剛克服了「僅是培育家」的自我懷疑，承擔起醫生的職責。他指揮小智與小光利用寶可夢招式調整室內濕度與溫度，並細心調配藥劑。就在關鍵時刻，小剛身旁的小福蛋感受到他的決心，成功進化成吉利蛋，並學會了「生蛋」招式，成功穩定住皮丘的傷勢。
確立志向：邁向寶可夢醫生之路
經過小剛的悉心照料，所有中毒的寶可夢都恢復了健康。趕到現場的喬伊小姐對小剛的應急處置讚不絕口，這也讓諾布子感嘆小剛非常適合當寶可夢醫生。這一連串的經歷讓小剛重新審視自己的目標，他意識到比起培育家，救治寶可夢的醫生或許是更適合自己的新道路。郵輪最終抵達了港口，小光的媽媽彩子已在岸邊迎接，儘管離別在即，但三人都已為自己的下一個夢想做好了出發的準備。