惡名昭彰的獵人登場
小智、小光與小剛在前往苑之鎮參加寶可夢華麗大賽的途中，偶遇了一位名叫瑪莉亞的少女與她的沙奈朵。然而，和平的氣氛隨即被打破，惡名昭彰的寶可夢獵人J騎乘著暴飛龍現身。J利用高科技的特殊裝置將沙奈朵石化並強行奪走。小智為了阻止J，指揮皮卡丘發動攻擊，但J對皮卡丘強大的「伏特攻擊」產生了興趣，決定將皮卡丘也列為狩獵目標。在激烈的衝突中，皮卡丘不幸被J的裝置擊中化為石像，並與隨後趕到現場企圖分一杯羹的火箭隊喵喵一同被帶走。
追蹤與潛入行動
君莎小姐趕到現場後，向眾人解釋了J的身份——她是一個為了金錢而不擇手段、強行捕獲並販賣寶可夢的犯罪組織首領。為了奪回夥伴，瑪莉亞請求奇魯莉安使用預知未來的能力，成功看見了J下一步會出現的水車小屋。小智不顧危險，在J再次現身時趁隙與火箭隊的武藏、小次郎一同潛入了J巨大的飛行船。在船艙內，小智與火箭隊暫時達成合作，利用奇魯莉安與長尾怪手的協助，在廣大的船艦中展開搜索。
冷酷的斷尾求生
在飛行船內部，小智等人成功找到了存放石化寶可夢的第三號機庫，並按下解除開關讓皮卡丘、喵喵與沙奈朵恢復原狀。然而，J的部下隨即包圍了他們。在激烈的對戰中，飛行船的機庫受到嚴重損傷。令人齒冷的是，J得知機庫損壞後，為了不影響飛行船航行，竟冷酷地命令部下將整座第三號機庫切離拋棄，完全不在乎留在機庫內的部下與入侵者的死活。
驚險脫困與未完的旅程
就在機庫從高空墜落並即將爆炸的危急時刻，沙奈朵感知到了瑪莉亞的呼喚，在千鈞一髮之際帶著小智、皮卡丘以及火箭隊等人使用了「瞬間移動」回到地面，全員平安無事。雖然君莎小姐隨後逮捕了被遺棄的J的部下，但J本人早已駕船逃離現場。經歷了這場震撼的事件後，小智對J殘酷的行為感到無比憤慨，但也更加堅定守護寶可夢的決心。一行人告別了瑪莉亞，繼續朝著下一個目的地苑之鎮邁進。