在大平原與雷電的邂逅
小智、小霞與小建正朝著橘子群島柚子道館所在的澎柑市前進。在曼達林島的大平原上，眾人遭遇了突如其來的強烈雷雨。正當大家尋找避雨處時，意外發現了一群正在吸收雷電能量的小磁怪，以及一隻雷伊布。隨後，一名開著貨車的男子福特出現，邀請小智一行人上車避雨。福特解釋他是一位「小磁怪牧人」，平日負責帶領小磁怪在平原吸收大自然的雷電，並將這些電力供應給附近的城鎮使用。
停電危機與火箭隊的襲擊
眾人抵達鎮上後，得知因為雷擊導致發電廠故障，全鎮陷入大停電，連寶可夢中心的小型發電機也面臨過載。就在福特準備帶領充飽電的小磁怪前往支援時，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵現身。他們利用特製的絕緣魔術手與靜電增幅機器，企圖奪走小磁怪與皮卡丘。在激烈的混戰中，福特的雷伊布為了保護小磁怪群而受傷，體力嚴重耗損，福特本人也因意外受傷而無法行動。
小磁怪的進化與電力守護者
眼看城鎮急需電力，小智自告奮勇接替福特，帶著這群編號1到9號的小磁怪翻越山脈前往電力站。途中，好奇心旺盛且不聽指揮的「6號」小磁怪再次脫隊，引來火箭隊的二度襲擊。由於皮卡丘先前的體力尚未完全恢復，眾人陷入苦戰。關鍵時刻，6號小磁怪為了守護夥伴展現出強大的鬥志，在吸收大量靜電後發生進化，成為三合一磁怪。進化後的三合一磁怪與皮卡丘聯手使出強力的電擊，終於將火箭隊徹底擊飛。
重現光明的城鎮與新的出發
小智最後成功將三合一磁怪與小磁怪群送達目的地，使城鎮重新恢復了電力，化解了混亂。福特對小智展現的才華深感佩服，甚至邀請小智留下來擔任他的助手，一起從事電力供應的工作。然而，小智一心嚮往橘子聯盟的挑戰，希望與更多強大的訓練家交流並持續修行，因此婉拒了邀請。在與福特、君莎小姐及喬伊小姐告別後，小智一行人帶著滿滿的活力，繼續朝向大城市前進。