抵達黑雲市與皮卡丘的異狀
小智、小霞與小剛一行人抵達了空氣汙染嚴重、充滿廢氣與淤泥臭味的工業城鎮——黑雲市。就在眾人感嘆城市荒涼之際，皮卡丘突然出現臉頰放電不止、身體虛弱的異狀。小智急忙帶著皮卡丘前往當地的寶可夢中心救治。喬伊小姐診斷這只是電氣鼠感冒的初期症狀，原因在於體內積蓄電量過多導致磁化，並建議讓皮卡丘留院觀察一晚。
全城大停電與發電廠的危機
就在皮卡丘接受治療時，黑雲市突然發生大規模停電。由於電力中斷，寶可夢中心用來維持受傷寶可夢生命的醫療設備停止運作，情況萬分火急。為了查明原因，小智等人前往海邊的發電廠調查。儘管身體不適，皮卡丘仍堅持跟著小智。與此同時，打算趁停電潛入寶可夢中心偷走皮卡丘的火箭隊，也因為停電導致汙水管的通風設備停止，在惡臭的下水道中苦不堪言。
神祕的小磁怪與臭泥大軍
進入昏暗的發電廠後，眾人遇見了磁鐵寶可夢「小磁怪」。奇怪的是，這隻小磁怪似乎被皮卡丘身上的電磁力吸引，像個「跟蹤狂」一樣瘋狂迷戀著皮卡丘。隨後，發電廠工作人員指出，電力中斷是因為海邊汙水管湧入大量「臭泥」堵塞了海水進水口。此時，臭泥群在首領「臭臭泥」的帶領下包圍了控制室，威脅到眾人的安全。
發電廠保衛戰與收服臭臭泥
面對數量龐大的臭泥大軍，小智原本想讓皮卡丘迎戰，但數量實在過多。關鍵時刻，之前那隻小磁怪帶著一群夥伴和進化形「三合一磁怪」及時現身支援。在小磁怪與三合一磁怪強大的電擊攻勢下，臭泥大軍被趕回大海。最後剩下強悍的臭臭泥首領，在皮卡丘與小磁怪的合力電擊下終於倒下，小智趁機投擲精靈球，成功收服了臭臭泥。隨著海水進水口疏通，發電廠恢復運作，城市也重獲光明。
結局與大木博士的慘狀
事件解決後，皮卡丘因為釋放了體內多餘的電力，磁力消失，感冒也完全康復；而原先迷戀牠的小磁怪也因此對皮卡丘失去了興趣。最後，小智將臭味薰天的臭臭泥傳送回大木研究所。遠在真新鎮的大木博士在接收精靈球後，被臭臭泥那隔著球都能聞到的刺鼻惡臭薰得幾乎昏厥，而小智一行人則帶著舒暢的心情繼續踏上旅程。