扎奧博的特別課程與科學意外
扎奧博受以太基金會理事長露莎米奈之託，以特別講師兼「發明部長」的身分來到寶可夢學校，旨在讓學生們體驗科學的奧妙。他展示了一台受精靈球啟發而發明的機器——「超級收納器扎奧博德拉克斯」，宣稱能將任何巨大的物體縮小並收納進小膠囊中，以便於搬運或搬家。然而，當扎奧博試圖示範縮小教室的黑板時，機器卻發生了故障，雖然啟動了卻沒有任何反應。
縮小後的小人大冒險
在庫庫伊博士建議重新開機後，扎奧博再次嘗試，不料在混亂中機器發出的射線擊中了小智、莉莉艾與馬瑪內，導致三人瞬間變得比托戈德瑪爾還要嬌小。扎奧博驚慌地試圖用膠囊將他們恢復原狀，卻以失敗告終。隨後，活潑的托戈德瑪爾不小心撞到了裝載三人的容器，導致他們意外掉進排水道，順著水流漂出了校園。在庫庫伊博士的指示下，瑪奧、卡奇與水蓮組成搜救隊，帶著皮卡丘與白晃晃緊急出動尋找失蹤的三人。
大自然中的驚險挑戰
變小的三人在大自然中展開了驚心動魄的探險。平日溫馴的阿羅拉椰蛋樹與重泥挽馬在他們眼中成了如山一般的巨獸，甚至連一隻普通的小拉達都顯得威脅十足。在經歷一番逃亡後，他們遇見了正在整理果實的莫阿尼婆婆與一群咚咚鼠。透過咚咚鼠的電波聯繫，皮卡丘與白晃晃成功找到了三人的位置。然而此時，一隻曾經欺負過火斑喵的阿羅拉貓老大突然現身，並將變小的三人視為獵物展開猛烈襲擊。
甜冷美后的救援與回歸
在危急關頭，瑪奧與甜冷美后及時趕到。甜冷美后展現出進化後成熟強大的戰鬥力，利用靈活的身手與強力的「熱帶踢」及「踩踏」徹底擊退了阿羅拉貓老大，保護了眾人的安全。正當大家在為團聚感到高興時，皮卡丘因為不小心吸入粉塵打了個大噴嚏，強大的電力波動竟然奇蹟般地觸發了縮小狀態的逆轉。三人終於在噴嚏過後恢復了原本的身材。回到學校後，扎奧博宣稱已將機器修理完畢，沒想到在示範時又再度出錯，這次竟然將托戈德瑪爾給縮小了，為這場風波畫下了一個充滿騷動的句點。