小智與翔太的再次對決
在前往映雪市的旅途中，小智一行人於某個城鎮與翔太重逢。翔太為了測試自己的成長，隨即向小智提出三對三的對戰。第一局小智派出摔角鷹人，以絕招「飛身重壓」擊敗了翔太的甲殼龍。接著，翔太拿出了新收服的寶可夢獨劍鞘，但小智的皮卡丘憑藉著豐富的對戰經驗，以「十萬伏特」再度取勝。
羈絆現象的神秘力量
進入第三局，翔太派出了已經進化成最終型態的王牌——蜥蜴王，而小智則派出甲賀忍蛙應戰。翔太在之前的戰鬥中已經對小智的戰術進行了深度分析，利用遠程攻擊一度壓制甲賀忍蛙。在激烈的交鋒中，小智與甲賀忍蛙的意志高度同步，甲賀忍蛙再次產生了型態變化，全身被水流包圍，展現出驚人的速度與力量，最終以「燕返」擊倒蜥蜴王取得勝利。賽後，小智形容戰鬥時彷彿能感受到甲賀忍蛙的視角，但體力消耗也極大，這份神秘的力量讓翔太感到驚訝，也引起了希特隆的科學興趣。
艾嵐的行動與閃焰隊的陰謀
與此同時，艾嵐正為了幫助瑪農陷入昏迷的寶可夢哈力栗尋求恢復的方法，持續在卡洛斯地區收集超級進化能量。他在寶可夢中心與弗拉達利聯繫，確認能量收集的進度。另一方面，閃焰隊的科學家庫瑟洛斯奇正秘密進行關於「Z」的核心實驗，利用收集來的能量對基格爾德細胞進行照射測試，引發了巨大的能量反應，預示著卡洛斯地區即將面臨危機。
超級噴火龍X強勢登場
隔天清晨，火箭隊試圖趁小智等人熟睡時捕捉皮卡丘，關鍵時刻，路過的艾嵐派出噴火龍救下皮卡丘。艾嵐因為見識到昨日甲賀忍蛙的戰鬥，主動向小智提出對戰邀請。戰鬥中，艾嵐展示了強大的實力，並發動キーストーン將噴火龍進化為「超級噴火龍X」。
甲賀忍蛙對戰超級噴火龍X
面對強敵，小智再度與甲賀忍蛙產生共鳴，使其變身為特殊的型態。超級噴火龍X展現出絕對的力量，利用「雷電拳」和「噴射火焰」與甲賀忍蛙展開近身戰。雖然甲賀忍蛙在特殊型態下實力大幅提升，但艾嵐的噴火龍在最後使出了威力巨大的「爆炸烈焰」，擊敗了甲賀忍蛙。雖然戰敗，小智與艾嵐互相報上姓名並約定再次對戰。希特隆提議利用科學設備來分析甲賀忍蛙的異變，而小智也決定為了變得更強與甲賀忍蛙一起努力。