購物中心的小插曲與寶藏島的啟程
故事開始於美樂美樂島最大的購物中心，小智與學校的夥伴們正在逛街。小智在洛托姆圖鑑的介紹下認識了「寶可豆」，並為皮卡丘挑選了喜歡的顏色。此時，瑪奧、水蓮與莉莉艾提議前往深受女性歡迎的飾品店「阿羅拉日出」，但卡奇、馬瑪內與洛托姆紛紛找藉口先行離開。獨自陪同女孩們的小智在店長的介紹下，得知了海面上有一座被稱為「寶藏島」的小島，那裡擁有豐富的自然景觀與野生寶可夢。在店長的熱心協助下，小智借到了海上皮划艇，決定與皮卡丘獨自前往寶藏島探險。
寶藏島的自然奇觀與心靈對話
小智與皮卡丘划著皮划艇來到寶藏島，感受著被大海與藍天包圍的自由感。在島上，他們目睹了兩隻好勝蟹正在進行激烈的拳擊賽，隨後又跟隨著一群萌虻來到了一個如天堂般美麗的花田。在那裡，他們遇見了巨大的阿羅拉樣子椰蛋樹群，並開心地與牠們互動。在休息期間，小智對皮卡丘吐露心聲，回憶起從初次見面到來到阿羅拉地區的點點滴滴。小智表達了對阿羅拉土地與人們的熱愛，並與皮卡丘約定要一起在這裡變得更強，朝著成為寶可夢大師的夢想邁進。
膽小蟲的救援行動
正當小智與皮卡丘享受二人時光時，一群膽小蟲突然出現並試圖搶奪小智的背包。在追逐的過程中，小智聽到了一陣微弱的呼救聲。他發現有一隻膽小蟲因為岩石坍方被困在岩縫中無法脫身。雖然小智嘗試徒手攀爬岩壁救助，卻幾次滑落，幸好在皮卡丘靈機一動找來椰蛋樹的幫助下，小智成功攀上高處，並指揮皮卡丘使用鐵尾擊碎擋路的岩石。脫困後的膽小蟲對小智表達了謝意，隨後與夥伴們一同消失在洞穴深處。
守護神卡璞・蝶蝶的現身
黃昏時分，正當小智與皮卡丘準備啟程返家時，天空中突然出現了一隻神祕且發光的寶可夢，並撒下晶瑩剔透的磷粉。這隻寶可夢正是阿卡拉島的守護神——卡璞・蝶蝶。受到磷粉照射後，小智在救援行動中受的傷痕瞬間痊癒。回到庫庫伊博士的家後，經由博士與洛托姆圖鑑的確認，小智得知了卡璞・蝶蝶的身分以及膽小蟲的習性。這次的探險不僅加深了小智與皮卡丘的羈絆，也讓小智對於阿羅拉地區的神祕力量感到更加敬畏與好奇。