神祕的夢境與傳說的約定
故事開始於小智做了一個不可思議的夢。在夢中，他在日輪祭壇見到了傳說中的寶可夢索爾迦雷歐與露奈雅拉。這兩隻神聖的寶可夢向小智託付了一項神祕的任務，而小智也在夢中鄭重地與祂們定下了約定。隔天一早，雖然小智對夢境細節感到模糊，但心中卻留下了深刻的印象。
與神祕寶可夢「小星雲」的相遇
在前往寶可夢學校的路上，小智受到守護神卡璞・鳴鳴的引導，在草叢中發現了一隻從未見過、長得像雲朵般的神祕寶可夢。這隻寶可夢正陷入沉睡，且重量非常輕。小智將牠帶到學校後，發現洛托姆圖鑑中完全沒有這隻寶可夢的資料，連大木校長也感到震驚，猜測這可能是新種寶可夢。莉莉艾根據牠體內如星星般的閃爍光芒與雲朵般的外型，為其取名為「小星雲」。
照顧「小星雲」的挑戰
「小星雲」就像嬰兒一樣，雖然可愛但啼哭時會發出強大的超音波，讓大家束手無策。大家嘗試了各式各樣的寶可夢食物，小星雲都不感興趣，直到馬瑪內拿出了「金平糖」，小星雲才開心地吃進去。確認了牠的食性後，小智決定負起責任照顧這個神祕的小生命。
以太基金會的到來與衝突
與此同時，剛獲得「阿羅拉雷迪獎」的芭內特博士與以太基金會的理事長露莎米奈（莉莉艾的母親）、幹部札奧博及碧珂來到庫庫伊博士家。露莎米奈一見到莉莉艾就表現出過度的熱情，讓莉莉艾感到非常尷尬與不滿，母女之間顯露出明顯的隔閡，莉莉艾更抱怨母親擅自讓她的皮皮進化等陳年往事。芭內特博士指出小星雲極有可能是「究極異獸」，這是一種來自異世界的生物。
堅定的意志與新的旅程
露莎米奈原本希望將小星雲交由以太基金會進行專業保護，但小智堅決拒絕了。他回想起夢中的約定，向眾人表示他已經答應了索爾迦雷歐與露奈雅拉要親自照顧小星雲。露莎米奈在得知小智曾獲得卡璞・鳴鳴的認可，並完成了多項大試煉後，決定相信小智的實力，將小星雲託付給他。就這樣，小智與神祕的小星雲展開了全新的冒險生活。