預言與卡洛斯的危機
故事開端，卡洛斯冠軍卡露乃與百刻道館館主葛吉花進行會談。葛吉花向卡露乃揭示了關於卡洛斯地區即將面臨危機的預言，提到一股足以吞噬人類與寶可夢的「深綠火焰」，以及與這場危機息息相關的「深綠之眼」——秩序寶可夢基格爾德。更令人在意的是，葛吉花指出小智與他的朋友們也與這場災難緊密相連。
冠軍的到訪與神祕力量的測試
小智為了挑戰第八個道館映雪道館，正與甲賀忍蛙持續進行特訓，試圖掌握那股神祕的同步力量。此時，卡露乃搭乘直升機親自拜訪小智一行人。她提到卡洛斯各地已開始出現環境異變，並對小智與甲賀忍蛙發生的奇特現象展現極大興趣。為了確認這股力量的真相，卡露乃提出與小智進行一場寶可夢對戰。
小智版甲賀忍蛙對抗超進化沙奈朵
對戰開始，由小智的甲賀忍蛙對上卡露乃的沙奈朵。希特隆利用其發明的「對戰脈衝測定器」記錄兩人的同步數據。起初，沙奈朵憑藉壓倒性的速度輕易避開所有攻擊，但隨著對戰升溫，小智與甲賀忍蛙的默契與鬥志達到頂峰，終於觸發了形態變化，變身為「小智版甲賀忍蛙」。展現出驚人速度與力量的甲賀忍蛙成功逼迫卡露乃使出鑰石，讓沙奈朵進行超進化。這場高水準的攻防戰讓在場眾人感到震撼，甲賀忍蛙甚至一度在速度與力量上壓制了超進化沙奈朵。
力竭的倒下與火箭隊的攪局
正當對戰進入白熱化、甲賀忍蛙準備發動致命一擊時，小智因體力消耗過度及同步帶來的劇烈負擔而突然昏厥，甲賀忍蛙的形態變化也隨之解除。此時，火箭隊趁機介入並利用強化機具捕捉沙奈朵，但在卡露乃的指揮下，沙奈朵展現冠軍級別實力，以強大的能量震碎捕捉裝置並擊飛火箭隊。對戰結束後，卡露乃對小智等人的潛力表示讚賞，並決定親自調查預言與基格爾德的真相。
邁向映雪道館的最終章
在另一端，閃焰隊的首領弗拉達利與科學家庫瑟洛斯奇正冷冷地監視著局勢，宣告計劃已進入最終階段。小智甦醒後，雖然對於未能完成對戰感到遺憾，但也更加堅定了要徹底掌握同步力量的決心。一行人告別卡露乃後，懷著鬥志重新出發，目標直指最後一個道館徽章所在地——映雪道館。