海邊的氣球練習與意外
放學後，小智陪同水蓮與瑪奧來到海邊，觀察球球海獅練習製作氣球。球球海獅製作的氣球強度與彈力都有了顯著進步，甚至能讓寶可夢進入氣球內部。然而，正當皮卡丘準備嘗試進入氣球時，一直處於熟睡狀態的木木梟不慎撞向氣球，導致木木梟與球球海獅一同被困在氣球中並隨風飄向遠方，與小智一行人失散。
落難與神祕火斑喵的現身
飄走的氣球最終意外落在了火箭隊正在搭建秘密基地的位置，並撞壞了小次郎辛苦組裝的衛星天線。武藏與小次郎發現是小智等人的寶可夢後，決定將其捕捉作為交換皮卡丘的人質。就在此時，一隻野生的火斑喵出現並攻擊了喵喵，趁亂救走了木木梟與球球海獅。火斑喵帶領牠們來到了一處隱密的廢墟，那裡住著與火斑喵相依為命的年邁長毛狗。在長毛狗的開導下，火斑喵決定協助這對夥伴尋找回家的路。
岩狗狗的嗅覺搜救與火箭隊的阻撓
另一邊，焦急的小智在洛托姆圖鑑的建議下，利用岩狗狗極其靈敏的嗅覺，藉由木木梟平時睡覺的背包與球球海獅常被抱著的氣味展開全城搜救。與此同時，火箭隊再次在森林中先發制人捕捉到了這群寶可夢。喵喵感佩火斑喵為了夥伴挺身而出的俠義精神（大哥特質），試圖拉攏牠加入火箭隊。火斑喵假意答應以換取對方的信任，隨即抓住機會燒毀捕捉網，並與球球海獅合力反擊擊退火箭隊。
溫馨重逢與未來的約定
在岩狗狗的引領下，小智、水蓮與瑪奧終於及時趕到現場。看到球球海獅與木木梟平安無事，眾人欣喜萬分。小智認出這隻火斑喵就是之前遇見過的那隻，並向牠道謝。火斑喵在確認任務完成後，婉拒了小智等人的進一步接觸，獨自跑回長毛狗的身邊。雖然這次只是短暫的交集，但小智深信未來一定會與這隻不可思議的火斑喵再次相遇，這場充滿波折的小小冒險也順利畫下了句點。