序幕：休息時分的誤會
小智一行人與寶可夢記者三色堇正持續在傑可羅拉群島旅行。由於三色堇的錄影機故障需要修理，大家決定在下午班次出航前在島上休息。天桐準備了豐盛的料理，但在用餐過程中，艾莉絲的導電飛鼠因為愛玩，與滑滑小子和水水獺發生小摩擦並隨意放電，遭到艾莉絲的訓誡。隨後，牙牙在森林中意外被野生的電蜘蛛攻擊而受傷，艾莉絲誤以為是導電飛鼠不聽勸阻亂放電才波及牙牙，嚴厲地責備導電飛鼠並要牠反省。感到受委屈的導電飛鼠氣憤地飛走，藤藤蛇察覺事有蹊蹺也隨後跟上。
衝突：導電飛鼠的「跳槽」計畫
憤怒的導電飛鼠在森林中偶遇正在爭論作戰計畫的火箭隊。導電飛鼠展現出壓倒性的實力，接連擊敗了火箭隊的滾滾蝙蝠、哭哭面具、輕飄飄與敗露球菇。火箭隊見狀大為驚艷，極力邀請牠加入。導電飛鼠為了讓艾莉絲後悔並引起她的注意，決定假裝加入火箭隊，計畫在火箭隊捉住皮卡丘後再反過來拯救同伴，藉此向艾莉絲證明自己的重要性。雖然喵喵識破了導電飛鼠的計謀，但武藏與小次郎仍決定將計就計利用牠。
危機：憤怒的爆音怪與混戰
小智等人尋找導電飛鼠時，導電飛鼠竟然與火箭隊一同現身並發表火箭隊誓詞，這讓眾人大吃一驚。在混戰中，導電飛鼠與藤藤蛇發生爭執，意外吵醒了正在洞穴睡午覺的爆音怪。心情極差的爆音怪開始無差別展開音波攻擊，小智等人被迫暫時撤退。火箭隊趁亂將導電飛鼠與牙牙關入防電鐵籠中，並將憤怒的爆音怪引入陷阱，意圖利用爆音怪擊潰小智一行人，再趁機捕獲皮卡丘。
結局：解開誤會與更深的羈絆
透過皮卡丘與藤藤蛇的引導，艾莉絲終於察覺牙牙身上的傷痕其實是電蜘蛛的「電擊球」所致，意識到自己完全誤解了導電飛鼠。為了救回同伴，小智派出噴火龍，艾莉絲也派出快龍，兩隻強大的寶可夢聯手對抗爆音怪並破壞鐵籠，成功救出牙牙與導電飛鼠。最後，憤怒到頂點的爆音怪發出強大的聲響，將火箭隊全體擊飛。事件結束後，艾莉絲誠懇地向導電飛鼠道歉，導電飛鼠也原諒了主人，雙方冰釋前嫌。一行人隨後與三色堇會合，帶著更深厚的羈絆繼續前往關都地方的旅程。