抵達黑暗市與孩子們的敵意
小智、小霞與小剛在旅行途中來到了「黑暗市」。這座城鎮在白天竟然空無一人，氣氛異常詭異。不久後，一群孩子突然向他們投擲石頭，表現出對寶可夢訓練家的極度厭惡。幸好一位餐廳老闆及時出面制止，並向小智一行人解釋了城鎮荒廢的原因。
兩大道館的權力之爭
原來，這座城鎮存在著兩間非官方道館：分別是亞斯帶領的「亞斯道館」與卡茲帶領的「卡茲道館」。為了爭奪成為寶可夢聯盟公認道館的唯一名額，雙方不斷雇用流浪訓練家當作保鏢，在城鎮中肆意鬥毆，將寶可夢對戰變成了街頭暴力。隨後，眾人目睹了亞斯道館的飛天螳螂與卡茲道館的電擊獸在街頭進行激烈的私鬥，讓原本和平的街道滿目瘡痍。
小智的立場與拒絕
在此期間，火箭隊三人組也化身為卡茲道館的保鏢出現企圖勒索餐廳，卻被小智與小剛的六尾輕易擊退。這一幕被亞斯道館的星探看中，邀請小智一行人前往道館當助拳人。為了隱藏身分，小智等人使用了「蛋包飯茄汁郎」等古怪的化名。亞斯試圖以飛天螳螂測試小智的實力，但小智義正辭嚴地拒絕成為保鏢，他強調寶可夢不應該是打架或賺錢的工具，而是人類的朋友。這番話惹惱了亞斯，小智一行人被迫逃離道館。
利用本能平息紛爭
小智透過寶可夢圖鑑了解到，飛天螳螂與電擊獸對紅色非常敏感，看到紅色會變得興奮激動。當兩大道館準備在聯盟檢定員到來前進行最後決戰時，小智與夥伴們準備了大量的番茄醬並潑灑在兩隻寶可夢身上。這導致飛天螳螂與電擊獸陷入混亂與興奮，甚至反過來攻擊自己的訓練家。混亂中，小智派出妙蛙種子成功壓制並平息了這場暴亂。
聯盟檢定員的真正身份
正當亞斯與卡茲打算聯手對付小智時，一名女子現身阻止了他們。她揭露自己正是寶可夢聯盟派來的檢定員——喬伊小姐。喬伊小姐嚴厲斥責了兩人將寶可夢視為鬥毆工具的行為，並宣判他們沒有資格開設公認道館。在喬伊小姐的監督下，亞斯與卡茲決定痛改前非，開始帶領部下修復被破壞的城鎮。黑暗市終於重現曙光，孩子們也重新對訓練家產生好感。小智一行人在告別了這群小小擁護者後，再次踏上了邁向寶可夢大師的旅程。