抵達常青市與身份確認
在與烈雀群的激烈戰鬥後，小智抱著受重傷的皮卡丘拚命趕往常青市。由於市內近期頻繁發生寶可夢誘拐事件，君莎小姐攔下了行跡可疑的小智。在小智出示了大木博士所給予的寶可夢圖鑑作為身份證明後，君莎小姐才解除戒備，並熱心地騎著摩托車載著小智飛奔前往寶可夢中心。
寶可夢中心的治療與家長聯繫
抵達中心後，喬伊小姐立即接手皮卡丘的急救工作，同時責備小智身為訓練家不應讓寶可夢傷得如此嚴重。在等待期間，小智撥打視訊電話回真新鎮。媽媽在電話中鼓勵他要超越父親與祖父，並叮囑他要記得刷牙；隨後小智又聯絡了大木博士，雖然博士對他還沒收服到任何寶可夢感到有些失望，但小智提到自己在虹色雲端看見了疑似傳說中寶可夢的身影，博士則認為那是百年難得一見的奇遇，並不完全相信。
小霞的追討與火箭隊襲擊
此時，在上一集被小智「借走」並弄壞腳踏車的小霞，扛著焦黑如魚骨般的腳踏車出現在中心，憤怒地要求小智賠償。然而在看到皮卡丘傷勢嚴重的情況下，她暫時放下私人恩怨。就在這平靜的時刻，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵突然闖入，並發表了充滿野心的登場台詞。他們的目標是中心內受傷且稀有的寶可夢們，並派出阿柏蛇與瓦斯彈展開破壞。
皮卡丘的驚人戰力
由於戰鬥導致中心停電，喬伊小姐與小智利用中心內眾多皮卡丘組成的「皮卡丘發電機」恢復電力。小智在慌亂中投擲裝有波波與小拉達的寶可夢球試圖反擊，小霞也派出角金魚迎戰（儘管魚在陸地上無法戰鬥）。最後，傷勢稍見好轉的皮卡丘展現出驚人的鬥志，結合現場所有皮卡丘的電力，並利用瓦斯彈產生的易燃瓦斯引發大爆炸，成功將火箭隊三人組擊飛至天際。
前往常青森林與新的邂逅
度過混亂的一夜後，常青市的寶可夢中心雖然受損，但寶可夢們都安然無恙。小智與纏著他賠償腳踏車的小霞一同踏上了旅程。在進入常青森林後，小智發現了一隻野生的綠毛蟲。這一次，他決定不再退縮，充滿信心地投出寶可夢球，準備展開他的第一次收服挑戰。