切鋒市的重逢與神祕的金字塔
小智在切鋒道館成功擊敗館主小菘，取得了第七枚徽章，正當他向真司分享喜悅時，真司卻表現得一如既往地冷淡。隨後，真司的哥哥雷嗣來到切鋒市，這時天空中出現了巨大的飛行建築物——對戰金字塔。這座建築物降落在市郊，而現身的人正是對戰開拓區的強者、金字塔法老神代。小智與神代是老相識，但真司一見到神代，便立刻提出對戰要求，展現出不尋常的執著。
真司的執著與雷嗣的過去
雷嗣向小智等人坦言，當年他挑戰神代時遭到了徹底的挫敗，甚至連對手一隻寶可夢都沒能擊敗。真司當時親眼目睹了哥哥的失敗，自此之後他便一心追求強大的力量，試圖完成哥哥未能達成的目標。為了向神代證明自己的對戰風格，真司與神代展開了一場六對六的全面對戰，由小剛擔任觀察員，小智、小光、小菘與小望則在旁觀戰。
實力差距懸殊的全面對戰
對戰開始後，真司先後派出超力王、電擊獸、鴨嘴火獸、尼多王、可多拉與圈圈熊。雖然真司試圖利用屬性優勢與精確的招式來尋找突破口，但神代的傳說寶可夢雷吉洛克、雷吉斯奇魯與雷吉艾斯展現了壓倒性的防禦力。面對神代沉穩的應戰風格，真司逐漸失去理智與冷靜，在關鍵時刻未能正確下達指令，甚至在圈圈熊受重傷後放棄指揮，最後慘遭神代以六比零的驚人戰績完封。
慘敗後的教訓與未來的約定
戰鬥結束後，神代嚴厲地教訓了真司，指出他雖然將寶可夢培育得很出色，但戰鬥時卻被過去與情感亂了方寸。神代希望真司能找回內心的平靜，明白為何而戰。雷嗣見狀，提議讓小智與真司在十天後於睿智湖畔進行一場全面對戰，希望兩位宿敵能透過戰鬥互相切磋提升。在雙方約定再戰之際，切鋒神殿傳來了緊急的求助，一場新的危機正悄悄逼近。