神祕的巨大石球與滅亡之谷的傳說
小智一行人為了前往琉璃市參加最後一場道館賽，正在橫跨伊扎貝島。在途中，他們在山頂上看見一個巨大的岩石製精靈球。此時，自稱是島上賢者的老人重盛出現，向大家講述了「滅亡之谷」的古老傳說。傳說在太古時代，石球中封印著一股「強大的力量」，曾有惡人解開法印導致世界陷入危機，最後由一位白之賢者召喚出新的石球，將這股力量封印在湖泊中。重盛隨後帶領眾人前往湖泊參觀遺跡。
巨大念力土偶破封而出
一直跟蹤小智等人的火箭隊聽到傳說後，企圖奪取這股「強大的力量」來征服豐緣地區。武藏、小次郎與喵喵搶先到達湖邊，不顧警告炸毀了湖中的石球。隨之出現的竟是一隻體型異常巨大的「念力土偶」。這隻巨大念力土偶擁有普通念力土偶二十倍以上的體型，且行動難以預測。牠脫困後開始失控，朝著島上的村莊移動，若不阻止，村莊將面臨滅頂之災。
失敗的驅逐與茄子裝誘捕計畫
重盛賢者翻閱古文書尋找對策。第一波嘗試是利用水屬性招式攻擊，小剛派出蓮帽小童與水躍魚使用水槍，雖然一度讓念力土偶停止，但隨即失效。接著古文書提到巨大念力土偶可能因為飢餓而暴躁，且特別標註牠喜歡「茄子」。於是小智與小次郎穿上特製的茄子裝試圖引誘念力土偶前往滅亡之谷，沒想到古文書的內容竟記載錯誤，念力土偶其實極度討厭茄子，反而被激怒並對兩人展開猛烈追擊，場面一度陷入混亂。
最後的王牌：巫女裝扮與重新封印
眼看村莊危在旦夕，重盛賢者發現古文書的最後一條線索：巨大念力土偶一直在尋找當初製造牠的「巫女」。為了安撫念力土偶，小遙、武藏、喵喵與果然翁紛紛換上巫女裝扮，試圖以此吸引牠的注意。出乎意料的是，巨大念力土偶竟然看中了長相與古代巫女相似的果然翁，並受其吸引跟著果然翁前往滅亡之谷。在抵達封印地點後，小智派大王燕救走果然翁，眾人合力推動山頂的巨大石球。在皮卡丘十萬伏特的助推下，巨大的封印球精準擊中念力土偶，成功將其重新封印，世界終於恢復和平。