真新鎮的少年與遲到的旅程
故事的主角是住在真新鎮的10歲少年小智，他一心渴望成為世界最強的寶可夢大師。在滿10歲的那天，他本該到大木博士的研究所領取最初的夥伴，卻因為在夢中太過興奮而睡過頭，趕到研究所時，三隻預定的寶可夢（妙蛙種子、傑尼龜、小火龍）都已經被準時到達的新人訓練家（包括小智的宿敵小茂）領走了。
命運的相遇：不聽話的皮卡丘
無奈之下，大木博士給了他最後一隻剩下的寶可夢——皮卡丘。然而，這隻皮卡丘個性頑固且不喜歡待在精靈球裡，更不願意聽從小智的命令，甚至還用電擊攻擊了小智。小智只好戴上橡膠手套，用繩子牽著皮卡丘踏上旅程。在路途中，小智試圖捕捉野生波波卻連連失敗，甚至還被森林裡的小拉達偷走食物，這讓小智感到無比挫折。
烈雀群的襲擊與絕境逃亡
為了捕捉波波，小智扔出石頭卻意外砸中了一隻生性兇猛的烈雀。被激怒的烈雀呼喚同伴發動群體攻擊，重傷了皮卡丘。小智為了保護皮卡丘，在逃亡過程中不慎墜入河流，幸好被正在釣魚的小霞救起。小智為了趕緊送皮卡丘去常磐市的寶可夢中心醫治，匆忙借走了小霞的單車，在雷雨交加的惡劣天氣中拼命踩踏。
超越生死的友誼與神祕的蹤影
烈雀群最終追上了他們，在單車摔倒後，小智擋在皮卡丘身前，決定犧牲自己來保護夥伴。皮卡丘看到小智不顧安危、捨身守護自己的模樣，深受感動，奮力躍起並引導天空的雷電發出巨大的十萬伏特，將烈雀群擊退。雨過天晴後，小智與皮卡丘建立了深厚的羈絆。在前往常磐市的途中，他們目擊到一隻散發金光的神祕寶可夢飛往虹彩的彼方。這段充滿挑戰與奇蹟的冒險，就此揭開序幕。