遇見寶可夢魔法師莉莉
小智、小霞與小剛在前往煙墨市的旅途中，在山路中遇到了一位名叫莉莉的少女。莉莉自稱是「寶可夢魔法師」，並表示她正在尋找皮卡丘，希望能借用皮卡丘的強力電擊來完成一種傳說中的魔法。莉莉展示了一本家族代代相傳的寶可夢魔法祕傳書，雖然文字古老難懂，但據說只要收集齊全素材，就能施展出「理解寶可夢心聲」的魔法。對此感興趣的小智一行人決定協助莉莉收集剩下的材料。
收集珍稀的魔法素材
要完成這項夢幻魔法，需要多種與寶可夢相關的特殊素材。莉莉已經收集到了壺壺的秘藥、驚角鹿的角粉、大奶罐的優格，以及迷唇姐帶有吻痕的花瓣。在小智的幫助下，他們透過寶可夢對戰引發派拉斯特施放招式，成功取得了「派拉斯特的麻痹粉」。隨後火箭隊出現企圖搶奪皮卡丘，莉莉在混亂中指揮黑暗鴉攻擊喵喵，意外地收集到了所需的「喵喵的爪垢」，並將火箭隊擊退。
長尾怪手的眼淚與火箭隊的攪局
最後一項關鍵素材是「長尾怪手的眼淚」。火箭隊得知這項魔法後，妄想利用理解寶可夢心聲的能力來開拓商機發大財，因此再度折返搶走了莉莉的魔法包包與一隻野生的長尾怪手。為了讓長尾怪手流淚，火箭隊三人組輪番上陣：小次郎講冷笑話、喵喵演煽情苦肉計、武藏展現誇張的演技，但長尾怪手完全不為所動甚至差點睡著。最終小智追上火箭隊並發生戰鬥，皮卡丘成功救回長尾怪手，長尾怪手看到火箭隊被打飛的滑稽模樣後捧腹大笑，笑到流出了眼淚，讓小智順利收集到最後的素材。
出人意表的魔法實驗結果
素材收集完畢後，莉莉開始進行調配，並由皮卡丘施放最後的十萬伏特電擊。小智自願擔任魔法的實驗對象，期待能就此理解皮卡丘的心情。然而，當魔法光芒散去，小智竟然變成了一隻真正的皮卡丘！莉莉這才發現祕傳書最後一頁因髒污而沒讀清楚，原來這項魔法的效果是讓人類「變成」寶可夢，進而理解其感受。雖然變成了皮卡丘，但小智樂觀地與皮卡丘、長尾怪手及黑暗鴉玩在一起。莉莉表示魔法失效後就會恢復原狀，這場充滿驚喜的魔法體驗也為旅程增添了一段奇特的插曲。