沈船後的危機與短暫的休戰
在聖安奴號沈沒之後，君莎小姐與搜救隊誤以為未能逃出的五名人員——小智、小霞、小剛以及火箭隊的武藏與小次郎已經罹難，並在搜救現場為他們舉行了哀悼儀式。然而，小智一行人其實在翻轉的船艙內甦醒，意識到船體正處於海底且倒扣的狀態。與此同時，火箭隊也從昏迷中醒來，武藏本想讓阿柏蛇溶解牆壁逃生，卻差點引發海水倒灌，所幸及時止住。當兩方人在船艙內狹路相逢時，本能地開始了寶可夢對戰，但戰鬥引發的重量失衡讓不穩定的船身劇烈搖晃，小霞及時喝止雙方，並提議為了生存必須暫時休戰，共同尋求逃生之路。
翻轉船艙內的逃生大作戰
由於小霞曾經製作過聖安奴號的模型，她清楚船隻的構造。在她的引導下，眾人決定向「上方」（即船底）移動，試圖從較薄的船殼逃脫。小剛派出大岩蛇作為巨大的階梯，讓眾人得以上升至機房區域。面對斷裂的通道，小智派出小火龍照明，並利用妙蛙種子的「藤鞭」搭起臨時橋樑。儘管火箭隊在過程中恐懼且不斷抱怨，但在生存威脅下，雙方仍勉強配合，成功抵達了外殼較薄的螺旋槳室。
海面上的漂流與飢餓考驗
小智利用小火龍的火焰將船底鋼板燒出一個圓洞，海水瞬間湧入。小霞指示大家利用水屬性寶可夢逃往海面。小智依靠傑尼龜，小霞帶領小剛與水系寶可夢前行，而沒有水系寶可夢的火箭隊，此時小次郎拿出了他之前被騙買下的鯉魚王。然而，這隻鯉魚王只會原地跳躍，根本無法游泳。雖然火箭隊最終幸運地浮上海面，但眾人被困在幾塊殘骸拼接的臨時木筏上，在烈日下受盡飢餓與乾渴的折磨。
暴鯉龍的憤怒與龍之怒
在極度飢餓下，眾人看著鯉魚王動了歪念。喵喵試圖啃食牠，卻發現鯉魚王全身只有鱗片、骨頭與厚皮，完全不能食用。失望至極的小次郎憤怒地將鯉魚王踢下海並宣佈斷絕關係。沒想到，這份屈辱讓鯉魚王在憤怒中進化成了凶暴的暴鯉龍。小次郎試圖以主人身份重新發號施令，卻遭到拒絕。暴鯉龍隨後召喚了數隻同類，共同發動了強大的必殺技「龍之怒」。巨大的水龍捲將小智一行人與火箭隊全部捲入空中，眾人在混亂中再次失散，消失在茫茫大海之中。