小霞的挑釁與檢定考試的契機
故事開端於一行人的午餐時間，小霞隨口吐槽小智至今為止獲得的許多徽章都是因為「同情」而非實力，這讓自尊心強的小智感到非常不服氣。就在兩人爭論不休時，一名正在拍攝皮卡丘的攝影師阿徹出現，並建議小智可以去參加「寶可夢聯盟檢定中心」的考試。只要通過這項包含筆試與實戰的綜合測驗，就能直接獲得參加寶可夢聯盟的資格，這對於忙碌的喬伊小姐或體力有限的長者來說是個便利的管道。為了證明實力，小智決定報考，而喬裝後的火箭隊武藏與小次郎也混入其中，希望能藉此取得資格。
充滿陷阱的知識與辨識測驗
第一階段是是非題筆試，內容刁鑽且充滿陷阱，例如詢問鯉魚王與進化後的關聯，這讓不擅長讀書的小智與武藏陷入苦戰，武藏甚至採取全填「○」的豪賭策略。緊接著是第二階段的圖像辨識測驗，題目難度極高，甚至出現了「從上方俯瞰的胖丁」這種讓人傻眼的題目。小智、武藏與小次郎在這一關表現得慘不忍睹，武藏更因為受不了教官的毒舌批評而當場大發雷霆，最後被取消資格並憤而離場。這段測驗也揭示了寶可夢大師不僅需要戰鬥力，更需要深厚的生態知識與冷靜的判斷力。
租用寶可夢的實戰對決
第三階段是實戰測驗，規定考生不能使用自己的寶可夢，必須從小盒子中隨機挑選三個精靈球進行戰鬥，以考驗訓練家與初次見面的寶可夢之間的協調性。小次郎幸運地抽到了皮卡丘，卻因為缺乏基本屬性常識，指揮皮卡丘對岩石系的隆隆石使用電擊而無效，最後甚至因為違規同時放出兩隻寶可夢而被判定失格。輪到小智時，他抽中的竟然全是火箭隊代表性的寶可夢：火伊布、阿柏怪與喵喵。儘管小智努力發揮實戰經驗，指揮火伊布贏得首場，但隨後阿柏怪與喵喵仍分別敗給教官的雷伊布與水伊布，陷入苦戰。
火箭隊的亂入與最終決擇
就在測驗進行時，心懷怨恨的武藏帶著喵喵闖入會場，與小次郎會合後現出身分，企圖搶奪檢定中心的寶可夢進行報復。他們指揮測試用的皮卡丘、妙蛙草與噴火龍發動攻擊，不料這些寶可夢受過專業訓練，只聽從教官的指令，反而回頭攻擊火箭隊，最後雙彈瓦斯的一場大爆炸將火箭隊彈飛。騷亂過後，教官表示可以讓小智重新參加測驗，但經歷了這次考試的小智領悟到，比起死板的考試，自己更適合一步一腳印地透過旅行與實戰來收集徽章，以此證明與寶可夢之間的羈絆。最後，眾人再次踏上前往下一個道館的旅程。