回到密阿雷市與希特羅伊特的危機
小智、莎莉娜與尤莉嘉一行人終於回到了密阿雷市，準備迎接期待已久的第五場道館對戰。在密阿雷道館，眾人與先行回歸修行的希特隆重逢，並見到了道館助手機器人希特羅伊特。大家互相分享了這段時間的成長，包括莎莉娜的火狐狸已進化成長尾火狐，而小智的黏美兒也進化成了強大的黏美龍。然而，就在道館賽即將開始之際，君莎小姐突然闖入，並以涉嫌在城市內多次惡作劇與破壞罪名逮捕了希特羅伊特。雖然眾人堅信希特羅伊特的為人，但監視錄影帶中確實拍到了與其一模一樣的機器人身影，讓事態陷入僵局。
真相大白：黑希特羅伊特的陰謀
為了證明希特羅伊特的清白，小智一行人與希特隆的父親利莫內、記者三色堇展開調查。希特隆檢查道館電腦後發現，有人非法入侵系統並竊取了希特羅伊特的設計圖與程式。追蹤訊號來源後，發現嫌犯竟是密阿雷大學機器人工學的貝爾蒙多教授。教授利用設計圖造出了「黑希特羅伊特」，企圖透過製造犯罪事件後，再讓黑希特羅伊特出面解決，以此建立名聲並證明自己的科學實力優於希特隆。得知下一個受襲目標可能是密阿雷美術館後，眾人決定前往阻止。
科學力量的正義與道館賽的前奏
在美術館前，希特隆正面對抗貝爾蒙多教授。教授派出黑希特羅伊特與三合一磁怪發動攻擊，而火箭隊此時也現身企圖搶奪優秀的機器人，所幸神祕的火焰雞面具與超級火焰雞及時出現，迅速將火箭隊擊飛。隨後，希特隆與希特羅伊特聯手，派出光電傘蜥與倫琴貓應戰。希特隆嚴正駁斥了教授「戰鬥只需追求勝利」的冷酷理論，他強調機器人與寶可夢一樣，都是需要被賦予愛心與羈絆的夥伴。最終，希特隆憑藉著對寶可夢的信任擊敗了對方的自爆磁怪，貝爾蒙多教授也被君莎小姐逮捕，希特羅伊特的冤屈終於得以洗清。在利莫內的見證下，小智與希特隆雙方都調整好狀態，準備在隔日進行一場毫無保留的正式道館賽。