重返真新鎮與宿敵的再會
在獲得八枚勳章後，小智終於回到了故鄉真新鎮。這天早晨，小智在夢見自己奪得寶可夢聯盟冠軍的壯舉時，被家中幫忙的魔牆人偶用吸塵器意外喚醒。隨後，小智與旅伴小霞、小剛一同前往大木研究所。在那裡，他們遇見了小智長久以來的宿敵——小茂。大木博士稱讚兩人是真新鎮的希望之星，因為在最初出發的四位新人中，只有小智與小茂成功集齊勳章並歸來。博士同時宣布，寶可夢聯盟將在兩個月後於石英高原正式開幕，參賽者將超過200人。
火箭隊的重生與新目標
另一方面，任務接連失敗的火箭隊三人組（武藏、小次郎與喵喵）原本擔心會被開除而打算潛逃，卻在被毀壞的常青道館廢墟遇到了坂木老大。坂木因公務繁忙，並未處分他們，僅指示他們「維持現狀」即可。這番話讓以為會被解雇的三人感動不已，重燃鬥志，隨即前往大木研究所，企圖一次奪走皮卡丘與研究所內所有的稀有寶可夢。
小智與小茂的培育理念衝突
在研究所的後花園中，小智與小茂對培育寶可夢的方法產生了激烈爭論。小茂主張訓練家應頻繁更換手持寶可夢，並針對對手的屬性進行戰術調整，他目前已收服了超過200隻寶可夢；而小智則偏好與固定的夥伴共同成長。大木博士解釋，兩人的方法各有所長，都是在嘗試理解寶可夢。博士還分享了他的研究心得：寶可夢的個性往往會變得像收服牠們的訓練家。此外，博士也提到了寶可夢生態的奧秘，包括像波克比這樣未知的品種，以及小智在旅程首日曾見過的神秘鳥類寶可夢（鳳王）。
肯泰羅亂舞與新的起點
正當小智與小茂準備進行練習對戰時，火箭隊三人組趁隙亂入。然而，他們在廣大的園區內接連遭到大針蜂、卡比獸與大岩蛇的驚擾。最後，小智在原野區收服並寄放在研究所的三十隻肯泰羅群集體奔騰，將火箭隊狠狠撞飛。騷動結束後，小茂決定將決鬥保留到聯盟大賽，小智也誓言要在接下來的兩個月加強訓練。故事最後，大木博士以「鍛鍊體能」為由，要求小智、小霞與小剛幫忙修補被肯泰羅撞壞的圍欄。小智為了即將到來的石英大會，正式展開了新的修行篇章。