小智與毒貝比的日常訓練
故事開始於小智與他的寶可夢們——皮卡丘、鬃岩狼人、木木梟與炎熱喵進行對戰練習。充滿好奇心的究極異獸毒貝比也加入其中，不僅展現出新學會的招式「亂擊」，還用它特有的彩色液體在地面上塗鴉。小智發現毒貝比非常喜歡皮卡丘，甚至在牆上畫出了皮卡丘的畫像，表達它的喜愛之情。庫庫伊博士與芭內特博士隨後邀請小智一起去購物，眾人展開了一場充滿活力的賽跑。
與藝術家茉莉及蝶結萌虻的相遇
在購物途中，小智遇見了正在寫生的畫家茉莉，以及她的搭檔寶可夢蝶結萌虻。茉莉擁有一種特殊的感應能力，能透過蝶結萌虻與人和寶可夢的心靈同步。她告訴小智，毒貝比非常熱愛畫畫，並且透過蝶結萌虻的引導，解讀出毒貝比在畫中寄託了「喜歡、喜歡、最喜歡」的強烈情感。這讓小智深刻感受到毒貝比對「阿羅拉家人」的深厚情誼。以露莎米奈為首的以太基金會成員也對毒貝比展現出的高度智力感到驚訝。
毒貝比神祕的悲傷與使命
小智將茉莉介紹給寶可夢學校的同學們，大家一起欣賞茉莉精湛的畫作，包括拉納基拉山的雪景與海中的西獅海壬。當茉莉創作名為「家族的風景」的作品時，毒貝比也在畫布上留下了神祕的符號。然而，毒貝比隨後獨自畫出了一幅充滿陰影與旋渦的畫作，茉莉察覺到畫中透出一種難以言喻的「悲傷」，並推測毒貝比可能揹負著某種重大的使命。當晚，毒貝比在夢中隱約回憶起故鄉的同伴以及巨大的四顎針龍，暗示了它來自另一個世界的複雜背景。
與骷髏團的寫生對戰
骷髏團的成員塔帕、阿資與拉普出現，並試圖搶奪茉莉美麗的蝶結萌虻。茉莉並沒有立刻進入對戰，而是提議以「寫生對戰」來決定勝負，要求大家畫出自己的搭檔寶可夢（如夜盜火蜥、超音蝠與臭臭泥）。雖然骷髏團成員畫技笨拙且造型古怪，但茉莉依然從畫中感受到了他們對寶可夢的愛。最終骷髏團惱羞成怒發動攻擊，但在蝶結萌虻的花粉團，以及皮卡丘與毒貝比的默契配合下，成功將骷髏團擊退。
「輝耀大神」的線索
事件結束後，毒貝比在地面上畫出了一個宏偉且散發光芒的圖騰。小智與洛托姆圖鑑驚覺，這正是在阿塞蘿拉圖書館的古書中記載的傳說存在——「輝耀大神」。雖然毒貝比為何會畫出這個圖案仍是個謎，但可以確定的是，毒貝比對這位大神同樣抱持著崇敬與愛戴。小智堅定地告訴毒貝比，無論未來面臨什麼挑戰或使命，他都會陪伴在側。故事在揭開究極異獸謎團的序幕中暫時告一段落。