特訓與神祕失蹤事件
為了挑戰神奧聯盟的第一個道館，小智正在森林中對著姆克兒進行新招式「燕返」的特訓。特訓過程中，姆克兒不慎撞到樹幹導致腿部受傷。此時，眾人遇見了負責森林寶可夢生態調查與管理的由佳里。由佳里向大家透露，最近森林中的寶可夢群體（如青綿鳥、咕咕等）數量異常減少，許多寶可夢似乎無故失蹤。小智一行人決定協助由佳里展開調查，而傷勢稍有好轉的姆克兒也主動請纓飛往空中偵察。
火箭隊的祕密計畫
事實上，寶可夢失蹤的真相是火箭隊的陰謀。武藏、小次郎與喵喵在森林溪谷中建立了一個祕密基地，並利用巨大的網子大量捕捉遷徙中的飛行系寶可夢。他們計畫將這些寶可夢作為禮物獻給坂木老大，藉此升官發財。姆克兒在偵察過程中不幸也被火箭隊捕獲。在囚禁期間，姆克兒展現了過人的冷靜與領導力，牠利用咕咕的「催眠術」控制了喵喵，藉此騙取鑰匙並解開牢籠，帶領所有被抓的寶可夢展開大逃亡。
盆才怪的新招式與危機
小智一行人趕到溪谷，發現了火箭隊的祕密基地。由佳里的大比鳥與皮卡丘救出了受困的寶可夢。為了阻止小智，火箭隊發動了巨大的「祕密移動基地機甲」。在激烈的戰鬥中，小剛的盆才怪被火箭隊的毒粉蛾壓制，但在緊要關頭，盆才怪竟然覺醒學會了新招式「模仿」，牠成功模仿了毒粉蛾的招式進行反擊，為小智爭取到了進攻的機會。
姆克鳥進化與完美的燕返
面對火箭隊負隅頑抗的總攻擊，姆克兒為了保護同伴，雖然身上還帶著特訓時的舊傷，依然奮不顧身地戰鬥。在強大的守護意志下，姆克兒全身發出進化的光芒，成功進化成了「姆克鳥」。進化後的姆克鳥實力大幅提升，並在小智的指令下完美使出了之前一直練不成的「燕返」，精準地擊破了火箭隊的防線，最終配合皮卡丘的十萬伏特，將火箭隊徹底打飛，守護了森林的和平。