櫻木研究所的新生活與首個調查任務
小智與小豪在枯葉市的櫻木研究所迎來了成為特別調查研究員後的第一個早晨。兩人在研究所過得相當自在，不僅有魔牆人偶照顧生活起居，還能享用豐富的早餐。隨後，櫻木博士向他們介紹了兩位助手蓮司與菊菜。此時，枯葉市發生了大量妙蛙草出沒導致交通堵塞的怪異現象，櫻木博士隨即指派這項調查作為兩人的首個任務。出發前，博士送給兩人各一支「手機洛托姆」，這款手機具備神奇寶貝圖鑑功能，是由洛托姆進入手機後形成的尖端設備。
小智與小豪的理念碰撞
在調查過程中，小智與小豪目睹了大量妙蛙草沿著街道行進。兩人遇到正在維持秩序的君莎小姐，並得知邪惡組織「火箭隊」近期也在附近出沒。當他們看到一隻妙蛙草努力想爬上高牆卻屢屢失敗時，小智想上前幫忙，卻遭到小豪阻止。小豪認為這對妙蛙草的成長至關重要，人類不應過度干涉自然規律；而小智則認為看到對方困擾就該伸出援手。兩人的價值觀產生激烈衝突，一度決定分頭行動，但最終小智還是選擇跟隨妙蛙草的足跡，小豪則在後方觀察。
枯葉道館預定地的神祕集會
他們跟隨妙蛙草來到了一處正在建設中的枯葉市道館。小豪透過資料發現，這裡在施工前曾是陽光充足的草原，是野生妙蛙種子與妙蛙草聚集進化的聖地。由於建築物阻擋了陽光，妙蛙草們必須爬上高聳的塔樓頂端，才能沐浴到充足的陽光以獲取進化的能量。小智與小豪合力幫助落後的妙蛙草到達塔頂，兩人也因此重歸於好，並體會到妙蛙草們追求成長的決心。
火箭隊的襲擊與扭蛋秘密武器
就在妙蛙草們準備進化的時刻，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵突然現身，企圖捕捉這裡所有的妙蛙草。這次火箭隊使用了坂木老大下發的新型秘密武器「火箭式秘密扭蛋」，投幣後召喚出了強力的寶可夢——暴鯉龍與班基拉斯。面對強敵，皮卡丘陷入苦戰，但在關鍵時刻，妙蛙草們群起反抗，發射「日光束」協助皮卡丘。最後，皮卡丘以強大的「十萬伏特」擊潰對手，將火箭隊再次擊飛。
夢幻的進化瞬間與深刻的情誼
戰鬥結束後，伴隨著和煦的陽光，塔頂所有的妙蛙草集體進化為妙蛙花。進化產生的芳香與散播的花粉隨著枯葉市的強風飄散，讓整座城市的枯萎花朵瞬間綻放，甚至連小春學校裡的花也開得燦爛奪目。小豪對寶可夢的神奇力量感到震撼，並主動承認小智是他的朋友。兩人完成調查任務回到研究所，櫻木博士對他們的發現表示肯定。這場冒險不僅解開了妙蛙草之謎，也讓小智與小豪這對搭檔建立起更深厚的友誼，準備迎接下一個前往伽勒爾地區的旅程。