波尼島的自由研究與波尼大根的新菜單
小智一行人在波尼島的自由研究進入第四天。在寶可夢中心享用過瑪奧製作的波尼大根料理後，水蓮與馬瑪內已經達成了各自的研究目標，而瑪奧則希望為家裡的艾納食堂開發新菜單，於是帶著莉莉艾與馬瑪內前往哈普烏的農場，希望能獲得建議。哈普烏向他們展示了波尼大根最純粹的美味，並邀請他們一起參與農活。在哈普烏的指導下，瑪奧成功重現了哈普烏祖父曾製作過的傳統料理「蓬鬆大根」，並獲得了大家的一致好評。
遺跡前的熱血對戰與突如其來的試煉
另一邊，小智與卡奇為了見到波尼島的守護神卡璞・鰭鰭，兩人比賽衝向彼岸遺跡。為了吸引卡璞・鰭鰭現身，小智提議進行一場熱血的雙打對戰。小智派出皮卡丘與炎熱喵，對抗卡奇的爆焰龜獸與阿羅拉形態的嘎啦嘎啦。正當對戰進入白熱化時，四周突然升起濃密的迷霧。卡璞・鰭鰭隨即現身，並將皮卡丘、炎熱喵、爆焰龜獸及嘎啦嘎啦囚禁在水球中。此時，一位神秘的老人出現，指責兩人的對戰驚擾了神聖之地，並要求卡奇在水鐘滴完前，前往阿卡拉島取回卡璞・蝶蝶的鱗粉來贖罪，否則被囚禁的同伴與小智將面臨生命危險。
卡奇與噴火龍的身心合一：挑戰卡璞・蝶蝶
卡奇與噴火龍火速趕往阿卡拉島。到達命運遺蹟後，卡奇向卡璞・蝶蝶請求鱗粉，但卡璞・蝶蝶卻要求進行對戰。在激烈的戰鬥中，卡奇與噴火龍陷入苦戰。此時，卡奇回想起祖父的教誨，體悟到必須與噴火龍身心合一，不再畏懼。噴火龍發揮出強大的實力使用「燕返」擊中卡璞・蝶蝶。卡璞・蝶蝶對卡奇的表現感到滿意，便賜予了他具備治癒能力的鱗粉。卡奇隨即啟程返回波尼島，雖然噴火龍體力耗盡墜地，但卡奇仍憑藉意志力，在水鐘滴完前的最後一刻奔回彼岸遺跡。
卡璞・鰭鰭的認可與全新的力量
卡奇成功將鱗粉灑向水球，救回了小智與所有寶可夢。這時，卡璞・鰭鰭再次現身並治癒了精疲力竭的噴火龍。洛托姆圖鑑推測這一切其實是卡璞・鰭鰭對卡奇設下的試煉。神秘老人讚賞卡奇展現了守護同胞的強烈靈魂，並贈予他飛行Ｚ。在老人的引導下，卡奇命令噴火龍使出了飛行Ｚ招式「極速俯衝轟烈撞」，展現了驚人的威力。隨後，卡璞・鰭鰭與神秘老人消失在霧中。卡奇雖然疲憊地睡著了，但他不僅突破了自我，更獲得了全新的力量，為波尼島的自由研究增添了精彩的一頁。