四顎針龍的離別與未來的開端
在阿羅拉寶可夢聯盟圓滿結束後，小智與庫庫伊博士一家回到了平靜的日常生活。然而，離別的時刻隨即到來。曾與小智並肩作戰的究極異獸四顎針龍，為了回到原本的世界照顧毒貝比們，決定穿過究極之洞。小智與皮卡丘用最強的「十萬伏特」作為送別禮，祝福四顎針龍在異世界一切順利。
夥伴們的夢想與長期假期計畫
在寶可夢學校，庫庫伊博士詢問學生們關於即將到來的長期假期的規劃。馬瑪內宣布將與馬睿因前往豐緣地區的綠嶺市，朝著成為宇宙飛行士的夢想邁進；水蓮則計畫協助父親進行海洋調查，目標是尋找傳說中的寶可夢瑪納霏；瑪奧決定改建艾納食堂，打造一個讓人類與寶可夢都能享受美食的餐廳；而莉莉艾則一心一意想要喚醒父親留下來的幻之寶可夢瑪機雅娜。面對夥伴們清晰的目標，身為首屆阿羅拉聯盟冠軍的小智，卻陷入了對未來去向的深思。
全力以赴的激戰：小智對決卡奇
為了回應卡奇在聯盟賽中未能與小智對戰的遺憾，兩人邀請島嶼女王麗姿擔任裁判，展開了一場認真的全力對決。小智派出鬃岩狼人（黃昏模樣），對抗卡奇的噴火龍。雙方在戰鬥中皆展現出極高的默契與實力，最終分別使出了Ｚ招式「狼嚎月華大原灰」與「超強極限爆焰彈」。在激烈的爆炸與衝擊後，鬃岩狼人艱難地站了起來，小智贏得了這場比賽。賽後，麗姿提醒小智，前往外面的世界闖蕩能夠開闊視野，這番話在小智心中留下了深刻的影響。
瑪機雅娜的覺醒與小智的重大抉擇
莉莉艾在哥哥格拉吉歐與父親的寶可夢索羅亞克的幫助下，透過索羅亞克展示的幻影，親眼看見了童年時父親莫恩對自己的期待，以及與瑪機雅娜相處的溫馨畫面。這份強烈的心意與珍貴的記憶，終於感應了瑪機雅娜的「魂心」，讓沉睡已久的瑪機雅娜奇蹟般地覺醒。另一方面，受到大家夢想的鼓舞，小智終於下定決心，他決定回到家鄉真新鎮，重新出發去見識世界各地更多未知的寶可夢。在夕陽下，小智與皮卡丘約定好，要一起迎接更廣大的世界挑戰。