抵達黃岩島與驚險的救援任務
小智、小霞與小剛一行人為了參加在赤岩島舉辦的「漩渦盃」大賽，在旅途中來到了漩渦列島的第二座島嶼——黃岩島。這座島嶼以隨處可見的黃色岩石與發達的水產養殖聞名。在街道上，小霞被太陽珊瑚角製成的精美工藝品吸引，並燃起了想要收服太陽珊瑚的強烈願望。正當三人參訪時，小霞的可達鴨意外發現一棟海上的房屋正被捲入漩渦中，小智立即派出妙蛙種子與月桂葉，利用藤鞭技能合力將房屋拉回岸邊，成功救出了受困的少女美加。
太陽珊瑚巢穴與消失的危機
美加的姊姊綾野與身為工藝家的父親解釋，黃岩島的居民自古就有在太陽珊瑚巢穴上建築房屋的習俗。然而，最近出現了一隻野生的太陽珊瑚，牠不斷衝撞其他同類，導致原本居住在屋底的太陽珊瑚群受驚逃離，失去地基支撐的房屋才會滑入海中。小智一行人決定協助綾野尋找失蹤的太陽珊瑚群。在此同時，火箭隊三人組潛入工藝品店企圖盜取財寶，但在小智的小鋸鱷與小霞的海星星聯手攻擊下被擊退，小智等人也順利奪回了被偷走的工藝品。
奪回太陽珊瑚與火箭隊的阻礙
在小智的貓頭夜鷹協助搜索下，眾人終於在一處海灘找到了受驚的太陽珊瑚群。然而，火箭隊再度現身，並利用特製的捕獲裝置將所有的太陽珊瑚一網打盡。關鍵時刻，貓頭夜鷹成功刺破火箭隊的熱氣球，讓太陽珊瑚們脫困。在眾人的鼓勵下，這群太陽珊瑚發揮團隊合作，集體反擊將火箭隊打飛到天際，徹底粉碎了他們的野心。
小霞的收服挑戰與全新旅程
解決火箭隊後，那隻野生的太陽珊瑚依然留在岸邊。小霞認為這是一個絕佳的收服機會，決定與其展開正式對戰。這隻野生的太陽珊瑚實力相當強悍，不僅能使用「自我再生」迅速回復體力，更使出「鏡面反射」將小霞的波力若的攻擊反彈回去。經過一番苦戰，小霞指揮波力若發揮毅力消耗對手體力，並看準時機投擲出「誘餌球」，最終成功收服了太陽珊瑚。小霞如願獲得了新的水屬性夥伴，一行人告別了美加一家人，帶著愉快的心情繼續朝著漩渦盃的目標前進。