迷霧中的偶遇與神祕的歌聲
小智一行人正朝著下一個道館所在地茵郁市前進，為了節省時間，他們決定橫越以濃霧著稱的霧霧山。然而，由於山中霧氣過重，小智與皮卡丘不慎與小遙、小勝、小剛走散了。在迷霧中，小智聽到一名神祕女性吟唱著關於「天秤偶」與「細道」的詭異歌謠。隨後，小智遇到了一位名叫久留代（Balina）的少女和她的夥伴寶可夢天秤偶。久留代解釋說，她是因為收到一名神祕女性的召喚，才帶著天秤偶來到這座山尋找傳說中的「宇宙中最重要的寶物」。
久留代的夢想與考古遺跡
久留代向小智透露，她自幼夢想成為一名考古學家，但她的父母卻極力反對，甚至丟掉了她苦心收集的資料，這讓她感到非常受挫。在前往遺跡的路上，火箭隊三人組偷聽到了關於寶物的消息，企圖捷足先登。當小智與久留代來到一棵巨大的古樹旁時，火箭隊現身並發動攻擊。此時，那名神祕女性帶著天然鳥出現，在小智與久留代的通力合作下，眾人利用皮卡丘的十萬伏特與天秤偶的高速旋轉擊退了火箭隊，保住了通往遺跡的線索。
時間的寶藏與跨越時空的傳承
神祕女性帶領大家進入了隱藏在山洞深處的古代遺跡，那裡充滿了天秤偶文明的壁畫。女性解釋，這裡的最高發明其實是一台時光機，而所謂「宇宙中最重要的寶物」指的就是「時間」。在遺跡中心，天秤偶啟動了特殊的魔法陣，這時神祕女性向久留代坦白了自己的真實身分——她正是來自幾十年後、未來的久留代。未來的她因為年輕時缺乏勇氣說服父母，繞了許多遠路才開始研究考古，因此決定穿越時空回來鼓勵年輕的自己，告訴她只要擁有些微的勇氣，未來是可以被改變的。
啟發與嶄新的旅程
隨著時光的交錯結束，神祕女性與天然鳥消失在光芒中，久留代深受感動，決定不再迷惘，要全力追求考古學家的夢想。這場神祕的體驗也深深啟發了小智，讓他體會到時間的寶貴。最後，小智與趕來匯合的小遙等人重逢，帶著煥然一新的鬥志，朝著寶可夢大師的目標與下一場道館賽加速前進。