迷路的無殼海兔與神祕的調查員
小智、小光與小剛在前往水蓮鎮的途中，來到了神奧地區最高聳的「天冠山」。在潮濕的濕地帶中，他們意外發現了一隻粉紅色的無殼海兔正在激流中掙扎，波加曼隨即奮不顧身地跳入水中救援。眾人合力救起無殼海兔後，遇到了當地的喬伊小姐。喬伊小姐解釋，粉紅色（西海）與藍色（東海）的無殼海兔以天冠山為界分開棲息，原本不應在東側看見粉紅色的無殼海兔，但近期這種迷路現象卻異常頻繁。此時，眾人再次遇見了曾有過一面之緣的神祕男子「帥哥」，他似乎也正在調查某件要事。
銀河隊的挖掘計畫與真相
為了護送無殼海兔回到山脈西側，小智一行人誤入了由人工挖掘的神祕坑道。在隧道深處，他們撞見了銀河隊的幹部薩圖尼與天才科學家冥王，這才得知銀河隊為了尋找通往神話之地「槍之柱」的入口，正在山體內部進行大規模的挖掘與遺跡搜索。這正是造成生態棲地混亂，導致無殼海兔誤入隧道的元兇。在銀河隊包圍小智等人的危急時刻，「帥哥」現身解圍，並公開了自己身為「國際警察搜查官」的真實身分。
遺跡入口的爭奪戰
銀河隊利用從鋼鐵島掃描鎖定的座標，發現了一處疑似「槍之柱入口」的門。火箭隊三人組也潛伏在側，企圖偷走銀河隊手中的神祕「鑰匙」。雖然火箭隊一度趁亂搶走鑰匙，但在薩圖尼的毒骷蛙強大的「惡之波動」攻擊下，鑰匙被銀河隊奪回。然而，當冥王嘗試用鑰匙啟動遺跡時，卻發現該處並非目標地點，銀河隊隨即冷酷地決定撤離，放棄這處無用的遺跡。
守護家園與重新啟程
銀河隊撤退後引發了劇烈的連鎖反應，地下水因岩層受損而噴發。帥哥協助小智一行人避開洪水並安全撤離。雖然未能成功阻止銀河隊，但噴出的地下水與土砂意外地將銀河隊挖掘的非法隧道全數封死，這也意味著兩側無殼海兔的棲地將不再受到干擾。在帥哥的鼓勵下，小智一行人順利將粉紅色的無殼海兔送回西側的同伴身邊。雖然銀河隊的野心依然籠罩著神奧地區，但小智與夥伴們決定帶著堅定的目標，繼續前往下一個目的地水蓮鎮。